مشخصات پژوهش

عنوان	اثرات چندشکلی های تک نوکلئوتیدی در ژن های کدکننده ی miRNAها بر صفات تعداد نتاج در بزهای مرخز
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	بز مرخز، دوقلوزایی، متاآنالیز، GWAS، miRNA
چکیده	بز مرخز یک نژاد بسیار مهم و بومی ایران است که در دو دهه ی گذشته جمعیت آن کاهش شدیدی داشته است. یکی از راه های افزایش جمعیت این نژاد شناسایی و بکارگیری نشانگرهایی است که روی صفات مهم مانند تعداد نتاج در زمان زایش اثرگذار هستند. این مطالعه با هدف شناسایی و ارزیابی اثرات چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (SNPs) در ژن های کدکننده ی برخی از miRNAها، ژن های هدف و نواحی کناری آن ها بر صفات تعداد نتاج در زمان زایش در بزهای مرخز انجام شد. به این منظور از روش های PCR-SSCP، مطالعات گسترده ارتباط ژنومی (GWAS) و متاآنالیز استفاده شد. برای انجام PCR-SSCP تعداد 88 نمونه و برای انجام GWAS تعداد 136 نمونه از بزهای موجود در ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد بز مرخز سنندج انتخاب شدند. نتایج حاصل از PCR-SSCP وجود چهار SNP شاملC/A ، A/G، C/T و A/G را به ترتیب در ناحیه پروموتر ژن miR-9 و نواحی 3’UTR سه ژن miR-27a، KITLG و IGF1 تایید نمود. نتایج آنالیز میانگین حداقل مربعات نشان داد که ژنوتیپ AA ژن miR-9 به طور مثبت و معنی داری بر تعداد نتاج در زمان زایش در بزهای مرخز تأثیر می گذارد (01/0>p)، که این نتایج توسط آنالیز رگرسیون لجستیک نیز تأیید شد. همچنین نتایج تجزیه به مولفه های اصلی ارتباط SNP موجود روی پروموتر ژن miR-9 و صفت مورد مطالعه را تایید کرد. اسکن ناحیه ی پروموتور ژن miR-9 نشان داد که تغییر آلل C به A ممکن است مانع از اتصال تعدادی از فاکتورهای رونویسی از جملهHES1 ،HES2 ، NRF1 وTCFL5 به پروموتور این ژن شود که می تواند بیان ژن miR-9 را کاهش دهد. آنالیز نمونه های ژنوتایپ شده با استفاده از چیپ 50K Illumina منجر به شناسایی چهار SNP معنی دار در ارتباط با تعداد نتاج در زمان زایش در بزهای مرخز شد. بررسی فاصله ی 500 هزار جفت باز بالادست و پایین دست SNPهای معنی دار منجر به شناسایی 11 ژن کاندیدا برای اثرگذاری بر صفت مورد مطالعه شد، که از میان آن ها دو ژن GABRA5 و AKAP13 به دلیل نقشی که در فرآیندهای تولیدمثلی دارند ممکن است اهمیت بیشتری داشته باشند. نتایج حاصل از متاآنالیز چندشکلی c.1189G>A روی ژن GDF9 نشان داد که این چندشکلی تحت مدل dominant و در صورت حذف یکی از مطالعات از فرآیند متاآنالیز تحت مدل additive روی تعداد نتاج در زمان زایش در بز اثر معنی دار دارد (05/0>p). به عبارت دیگر، بزهای دارای دو نسخه از آلل G (ژنوتایپ GG) تعداد نتاج بیشتری از بزهای دارای ژنوتایپ AG و AA دارند. نتایج پژوهش حاضر منجر به شناسایی SNPهای مهم مرتبط با صفت تعداد نتاج در زمان زایش در بز شد که می تواند در برنامه های اصلاحی بز مورد استفاده قرار گیرد.
پژوهشگران	محمد رزم کبیر (استاد مشاور)، جلال رستم زاده (استاد راهنما)، امیر رشیدی (استاد راهنما)، پیمان محمودی (دانشجو)