مشخصات پژوهش

عنوان	شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته دارها (Prunus necrotic ring spot virus) در درختان میوه هسته دار و دانه دار استان کردستان
نوع پژوهش	مقاله چاپ‌شده در مجلات علمی
کلیدواژه‌ها	پروتئین پوششی، انتخاب منفی، نوترکیبی، واکاوی تبارزایی
چکیده	به منظور شناسایی مولکولی و بررسی تنوع ژنتیکی عامل لکه حلقوی بافت مرده درختان هسته دارها، شمار 149 نمونه برگی از درختان میوه هسته دار و دانه دار استان کردستان طی بهار و تابستان سال های 1394 و 1396 جمع آوری و با آغازگرهای اختصاصی ژن پروتئین پوششی PNRSV-F3/PNRSV-R3 آزمون RT-PCR شدند. نتایج RT-PCR نشان داد که 8/20 درصد از نمونه ها، آلوده به PNRSV بودند. سیزده جدایه بر اساس نوع میزبان و منطقه جغرافیایی انتخاب و پس از تکثیر و الحاق بخشی از ژن پروتئین پوششی آن ها به پلاسمید pTG-19 و همسانه سازی در باکتری E. coli، تعیین توالی شدند. توالی های به دست آمده در سطح نوکلئوتیدی به طور میانگین 002/0 ± 9/98 درصد با یکدیگر و 006/0 ± 4/94 درصد با سایر جدایه های موجود در بانک ژن همانندی نوکلئوتیدی نشان دادند. در واکاوی تبارزایی بر اساس ترادف نوکلئوتیدی جدایه های PNRSV در سه گروه تبارزایی PV96، PV32 و PE5 قرار گرفتند که سیزده جدایه این تحقیق به همراه اغلب جدایه های ایرانی در گروه تبارزایی PV96 قرار گرفتند. بیشترین تشابه نوکلئوتیدی بین جدایه های هلو از کامیاران (KH10)، زردآلو از سنندج (SZ93) و هلو از دهگلان (D7) با جدایه ی شلیل از ایران (KX353935) با 98% و کمترین همانندی نوکلئوتیدی بین جدایه زردآلو از سنندج (SZ26) با جدایه ی آلو از لهستان (DQ983499) با %6/83 همانندی مشاهده شد. نسبت های کم جانشینی مترادف به غیر مترادف (dN/dS) در ژن پروتئین پوششی این ویروس بیانگر این نکته است که انتخاب منفی نقش عمده را در تکامل این ژن بازی کرده است و بررسی نوترکیبی با نرم افزار RDP v.4.63 نیز نشان داد که در جدایه های مورد مطالعه در این تحقیق نوترکیبی در این قسمت از ژنوم اتفاق نیافتاده است.
پژوهشگران	محمد حاجی زاده (نفر دوم)، عبدالباسط عزیزی (نفر سوم)، مهدی آذریار (نفر اول)، مسعود نادرپور (نفر چهارم)