|
عنوان
|
استخراج شبکه ژنی در داده های ریزآرایه DNAبافت رحمی با استفاده از شش الگوریتم متفاوت شبکه بیزی
|
|
نوع پژوهش
|
مقاله ارائه شده کنفرانسی
|
|
کلیدواژه‌ها
|
الگوریتم، ریزآرایه DNA،ژن هاب
|
|
چکیده
|
هدف از این پژوهش شناسایی ژنهای هاب ترانسکریپتومی در بافت رحمی با استفاده از الگوریتمهای مختلف شبکه بیزی بود. بدین منظور 6 الگوریتم متفاوت (رشد انقباضی، کمینه- بیشینه والد- فرزند، جستجوی تابو، تپه نوردی، کمینه- بیشینه تپه نوردی و حداکثرسازی محدود شده) در قالب سه دسته کلی الگوریتمهای محدودیت گرا، نمره گرا و ترکیبی مورد استفاده قرار گرفتند. tراسنجه های شبکه ژنی با استفاده از بسته نرم افزاری bnlearn در محیط Rبرآورد شدند. شناسایی ژنهای هاب با در نظر گرفتن معیار درجه و در محیط نرم افزار Cytoscape تعیین شدند. در الگوریتم جستجو تابو از الگوریتم های دسته نمره گرا بیشترین مقدار اتصالات بین ژنی ( 390)، پوشش مارکفی (25/64)، اندازه همسایگی (8/76 )و عامل شاخه ساز (4/38) مشاهده شد. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که بین دسته الگوریتم ترکیبی و محدودیت گرا بیشترین تعداد ژنهای هاب مشترک وجود دارد (MMD2 ،SPDEF ،PRODH، SLC27A6 ،SEMA3E و ACTG2). در نهایت، حاشیه نویسی عملکردی ژنهای متفاوت بیان شده در بافت رحم در طی تیمار پروژسترون و اثر حاملگی نشان داد گروههای ژنی در مسیرهای خارج سلولی، ترشحی، متابولیسم چربی و پروتئین، ساختار پروتئین و فرآیندهای پس از ترجمه در بیان ژن درگیر هستند.
|
|
پژوهشگران
|
امیر رشیدی (نفر دوم)، محمد رزم کبیر (نفر پنجم)، پرهام مرادی دولت آبادی (نفر چهارم)، امین مرتضوی (نفر اول)، مصطفی قادری زفره ای (نفر سوم)
|