مشخصات پژوهش

عنوان	ردیابی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس موزاییک هندوانه در کدوئیان استان کردستان
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	آرتی-پی سی آر، استان کردستان، کدوئیان، همسانه سازی، ویروس موزاییک هندوانه
چکیده	ویروس موزاییک هندوانه (Watermelon mosaic virus, WMV) یکی از گونه های مهم جنس Potyvirus از خانواده ی Potyvirdae است. این ویروس پیکره های رشته ای انعطاف پذیر به طول حدود nm 760 دارد و ژنوم آن به صورت RNA تک رشته و مثبت می باشد. WMV در مقایسه با سایر پوتی ویروس های گیاهی دامنه ی میزبانی وسیع تری دارد و باعث خسارت اقتصادی به بسیاری از محصولات عمدتا کدوئیان می شود. به منظور ردیابی ویروس موزاییک هندوانه از جالیز کاری های استان کردستان، طی تابستان سال 1393، 56 نمونه برگی از میزبان های بادمجان، خیار، کدو، گوجه فرنگی، لوبیا سبز و هندوانه که دارای علائم مشکوک به این ویروس بودند، جمع آوری شد. ابتدا آر.ان.ای کل مطابق روش بهینه شده ی روحانی و همکاران (1993) استخراج و سپس، با استفاده از آغازگر های شش نوکلئوتیدی تصادفیcDNA مربوط به آن ها ساخته شد. در نهایت، محصولات cDNA به عنوان الگو برای تکثیر قسمتی از ژن پوشش پروتئینی ویروس موزائیک هندوانه در واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای WMV (CP-f)/ WMV(CP-r) به کار گرفته شد. نتایج الکتروفورز روی ژل آگارز 2/1%، حاکی از تکثیر قطعه مورد انتظار حدود 657 جفت بازی در 21 نمونه (37 درصد) از نمونه های مورد مطالعه بود .در کل بر اساس نتایج آرتی-پی سی آر، 35%، 55%، 17%، 40% و 67% از نمونه های مورد مطالعه در میزبان های خیار، کدو، گوجه فرنگی، لوبیا سبز و هندوانه به ترتیب آلوده به ویروس موزاییک هندوانه بودند. در حالیکه، این ویروس از میزبان بادمجان ردیابی نشد. قطعات تکثیر شده از 10 نمونه ی، B21،B22 ، C49 ،C44، W5، W1، H7، Z3، Z6، Z17 پس از اتصال به پلاسمید pTG19 در میزبان باکتریایی E.coli DH5αترانسفورم شدند. باکتری های ترانسفورم شده با پلاسمید نوترکیب بر روی محیط کشت حاوی آمپی سیلین،IPTG و XGal انتخاب و پلاسمید نوترکیب حاوی قطعه پی سی آر، از باکتری های ترانسفورم شده استخراج گردید. قطعات پی سی آر موجود در پلاسمید های نوترکیب با استفاده از آغازگر T7- promoter تعیین توالی شدند و توالی های به دست آمده شامل 657 نوکلئوتید همراه با 81 ترادف انتخاب شده از بانک ژن مقایسه شدند. همردیف سازی های چندگانه و آنالیز فیلوژنتیکی و تعیین نسبت جانشینی نامترادف (dN) به جانشینی مترادف (dS) با نرم افزار هایMEGA6 و DNaSp انجام و درخت فیلوژنتیک به روش ماکسیمم لایکلی
پژوهشگران	جعفر عبداله زاده (استاد مشاور)، محمد حاجی زاده (استاد راهنما)، هاجره بهرام پور (دانشجو)