مشخصات پژوهش

عنوان	شناسایی بیوانفورماتیکی میکروRNA ها در انگور و تایید توالی دقیق آن ها به روش miR-RACE
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	شناسایی بیوانفورماتیکی،میکروRNA، ژن هدف، عناصر تنظیمی
چکیده	میکروRNAها کلاسی از RNA های کوچک درونزاد با 24-21 نوکلئوتید طول هستند که نقش های مهمی را در تنظیم پس از رونویسی ژن با هدف گرفتنmRNA ها برای برش یا سرکوب ترجمه ایفا می کنند. تمام پیش سازهای میکرو RNA دارای ساختارهای ثانویه حفظ شده مشابهی هستندکه به کمک آن و با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی وجود اورتولوگ ها یا همولوگ های میکروRNA های جدید را در دیگر گونه های گیاهی می-توان پیش بینی کرد. درمطالعه حاضربرای شناسایی میکروRNA های جدید،ازمیکروRNA-های گیاهی موجود درپایگاه اطلاعاتیmiRBase جهت جستجوی همولوگ های احتمالی درژنوم وEST-انگوراستفاده شد. براین اساس تعداد 26 میکروRNA جدید متعلق به 3 خانواده mir-845 ، mir-5523و mir-171در بررسی های ژنومی و خانوادهmir-6483 در بررسی توالی های EST در انگور شناسایی شد. به منظور درک نقش میکروRNA های جدید در شبکه های تنظیم ژن در انگور، تعداد 30 ژن هدف برای 4 خانواده میکرو RNA با استفاده از پایگاه اطلاعاتی psRNATarget شناسایی شد که بیانگر عملکرد آن ها در فرآیند های مختلف بیولوژیکی است. توالی های همولوگ میکروRNA های کوچک جمع آوری شد و روابط فیلوژنتیکی آن ها بررسی گردید. از آن جایی که میکروRNA توسط RNA پلیمراز II رونویسی می شود، عناصر تنظیمی سیس آن ها روی ناحیه پروموتر توسط نرم افزار PlantCARE بررسی وبه منظور تایید توالی دقیق میکروRNA ها از این میان توالی پیش ساز mir-171 و mir-6483 بر اساس آزمایش های انجام گرفته تایید و بیان آن در بافت های مختلف انگور مشاهده شد. این داده ها با شناسایی میکروRNA های جدید و ژن های هدف آن-هااطلاعات مفیدی را پیرامون توصیف عملکرد میکروRNA ها در انگور فراهم آورد. نتایج حاصل می تواندجهت مطالعه روی نقش تنظیمی میکروRNA ها به کار گرفته شود.
پژوهشگران	سهیلا فاطمی (دانشجو)، جلال رستم زاده (استاد مشاور)، بهمن بهرام نژاد (استاد راهنما)