مشخصات پژوهش

عنوان	شناسایی نشانه‌های انتخاب در نژادهای اسب ایران با استفاده از داده‌های ژنومیک
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	اسب اصیل ایرانی، اسب ترکمن، اسب کاسپین، اسب کُرد، ساختار ژنتیکی جمعیت، نشانه‌های انتخاب
چکیده	نژادهای بومی اسب ایران به طور تکاملی تحت تاثیر انتخاب طبیعی و مصنوعی قرار گرفته‌اند که سبب ایجاد تنوع ژنومی آنها در نواحی جغرافیایی متفاوت شده است. هدف از این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی و نشانه‌های انتخاب در چهار نژاد اسب بومی ایرانی با روش‌های آماری داخل جمعیتی (Tajima’s D، تنوع نوکلئوتیدی و درجه هاپلوتایپی یکپارچه) و بین جمعیتی (شاخص تثبیت، FLK و xp-EHH) بود. در این مطالعه 169 اسب از نژادهای کاسپین (n = 21)، ترکمن (n = 29)، کُرد (n = 67) و اصیل ایرانی (n = 52) با استفاده از داده‌های ژنوتایپینگ مورد ارزیابی قرار گرفت. در مطالعات بین جمعیتی، اندازه مؤثر جمعیت برای نسل حاضر 59، 98، 102 و 113 (به ترتیب) برای نژادهای ترکمن، کاسپین، اصیل ایرانی و کُرد بود. آنالیزهای ساختار ژنتیکی جمعیت، نژادهای شمالی (کاسپین و ترکمن) و غربی/جنوب‌غربی (اصیل ایرانی و کُرد) را به دو خوشه فیلوجئوگرافیک تقسیم‌‌بندی نمودکه نشان دهنده‌ی منشاء جغرافیایی آنها می‌باشد. برای افزایش قدرت آماری سیگنال‌های شناسایی شده، نتایج روش‌های درون و بین جمعیتی با کمک ترکیب همبسته سیگنال‌های چندگانه (DCMS) ادغام شده تا نواحی کاندیدا با دقت بالاتری شناسایی گردد. نتایج مطالعات بین جمعیتی نشان داد که SNP‌های شناسایی شده تحت انتخاب با ژن‌های مرتبط با QTLهای شناخته شده برای صفات مورفولوژیکی، سازگاری و ساختار بدنی مرتبط بودند. نتایج حاصل نشان داد که HMGA2 و LLPH می‌توانند به عنوان ژن‌های کاندیدا برای تنوع قد بین نژاد کاسپین و سایر نژادهای مورد مطالعه کاندیدا شوند. با استفاده از نتایج مطالعات مربوط به قد انسان که از کاتالوگ GWAS بدست آمده است، 38 ژن کاندیدا جدید تحت انتخاب پیشنهاد شد. در مطالعات داخل جمعیتی، 16 ژن کاندیدا مشترک در بین هر چهار نژاد به عنوان کاندیدای پیشنهادی برای انتخاب شناسایی شدند. علاوه بر این، 11 نوع QTL مختلف در هر چهار نژاد مورد مطالعه شناسایی شدند که به دسته‌ی صفات مربوط به سازگاری، ساختار بدنی از طریق اختلالات ژنتیکی یا صفات مورفولوژیکی و رفتاری تقسیم شدند. نتایج روش‌های آماری مورد مطالعه یک نقشه گسترده ژنومی از نشانه‌های انتخاب در نژادهای اسب مورد مطالعه را ارائه داد که اطلاعات ارزشمندی را برای ارائه راهکار مناسب جهت حفاظت ژنتیکی و استراتژی‌‌های اصلاح نژادی برای نژاد‌ها نشان می‌دهد.
پژوهشگران	گابریلا لیندگرن (استاد مشاور)، حمیدرضا سیدآبادی (استاد مشاور)، جلال رستم زاده (استاد راهنما)، محمد رزم کبیر (استاد راهنما)، سیده فاطمه موسوی (دانشجو)