مشخصات پژوهش

عنوان	مطالعه توزیع توالی‌های DNA تکراری برخی گونه‌های جنس Nigella با استفاده از توالی‌یابی نسل جدید و FISH
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	توالی های تکراری، تکامل کاریوتیپ، جنس Nigella، توالی ماهواره ای
چکیده	نایجلا تیره کوچکی از خانواده Ranunculaceae است که در دریای اژه و از نواحی غربی-ایرانی-تورانی منشأ گرفته و پراکنده شده‌است. مقایسه توالی‌های تکراری در N. sativa، N. damascena و N. bucharica با استفاده از توالی‌یابی ژنومی Illumina با پوشش کم و به دنبال آن کاریوتایپ و نقشه‌برداری FISH از هفت گونه جنس نایجلا توسط کاوشگر توالی‌های تکراری شناسایی شده و کاوشگر ‌های DNA ریبوزومی (rDNA) انجام شد. همچنین توالی کامل ژنوم کلروپلاست هر سه گونه سرهم‌بندی و مقایسه گردید. توالی‌های تکراری (با تعداد کپی بالا و متوسط) به ترتیب 52/57، 01/59 و 73/64 درصد از ژنوم‌های N. sativa، N. damascena و N. bucharica را تشکیل می‌دهند. تقریباً نیمی از ژنوم سه گونه، رتروترانسپوزون‌ها (ترانسپوزون‌های کلاس I) هستند، درحالی‌که ترانسپوزون‌های DNA (ترانسپوزون‌های کلاس II) تنها حدود 2 درصد از ژنوم‌ها را تشکیل داده‌اند. گونه‌های نایجلای بررسی شده دارای ژنوم بزرگی در حدود 4/7 تا 4/12 Gbp/1C هستند. یکی از دلایل طولانی بودن چرخه سلولی که توسط EDU بررسی شد، بزرگ بودن ژنوم در این جنس است. تنها دو توالی تکراری ماهواره‌ای در N. sativa، یک مورد در N. damascena و چهار مورد در N. bucharica شناسایی شدند که غالبا (peri)centromeric بودند و حدود % 1 از هر ژنوم را تشکیل دادند. تنوع زیادی در تعداد و موقعیت جایگاه‌های S rDNA45 در میان گونه‌های نایجلا مشاهده شد. جالب توجه است، در N. hispanica، هر کروموزوم حداقل یک جایگاه S rDNA45 را نشان داد که یکی از آن‌ها همی-زیگوت بود. همچنین در N. sativa با استفاده از Ag-NOR مشخص شد که دو جفت از سه جفت جایگاه S rDNA45 فعال هستند. براساس تعداد کروموزوم، اندازه ژنوم و سیگنال‌های بدست آمده از کاوشگرهای ماهواره‌ای (peri)centromeric، سه گروه کاریوتیپ مشاهده شد: دو گروه با n2 = x2 = 12 و فرمول کاریوتیپ t2 + m10 (شامل N. sativa، N. arvensis، N. hispanica به‌عنوان گروه اول و N. damascena و N. orientalis به عنوان گروه دوم) و گروه دورتر با n2 = x2 = 14 و فرمول کاریوتایپ t4 + st2 + m8 (شامل N. integrifolia و N. bucharica). این گروه‌های کاریوتیپ با آنالیز فیلوژنتیکی با استفاده از توالی‌های ITS و rbcL تطابق داشتند. نتیجه می‌گیریم که تنوع در توالی‌های (peri)centromeric، تعداد و محل قرارگیری‌ rDNAها روی کروموزوم و همچنین تعداد کروموزوم (دیسپلویدی) در تکامل جنس نایجلا نقش دارند.
پژوهشگران	یورگ فوچ (استاد مشاور)، ای ژو کو (استاد مشاور)، قادر میرزاقادری (استاد راهنما)، فاطمه اروجی (دانشجو)