مشخصات پژوهش

عنوان	تعیین توالی کامل دو جدایه ایرانی ویروس ساقه شیاری سیب
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	آر.تی-پی.سی.آر، بیماری های ویروسی سیب، تنوع ژنتیکی، درخت تبارزایی
چکیده	ویروس ساقه شیاری سیب ASGV) Apple stem grooving virus,) به دلیل انتقال آسان، تاخیر در علائم ظهور و ریشه کنی سخت یکی از ویروس های مهم درختان سیب می‌باشد. به منظور تعیین توالی کامل دو جدایه ایرانی این ویروس، یک جدایه از سنندج (K) و یک جدایه از مرند (Mn18) بر اساس نوع رقم و فاصله جغرافیایی انتخاب شدند. ژنوم این دو جدایه توسط شش جفت آغازگر اختصاصی که کل ژنوم به استثنای انتهای ناحیه poly A و ناحیه 5ˊUTR را پوشش می دادند، تکثیر و توالی یابی شد. ژنوم این ویروس در هر دو جدایه یک چهارچوب خوانش کدکننده به طول 6315 نوکلئوتیدی را تشکیل دادند که یک پلی پروتئین با 2105 اسید آمینه را کد می کنند. آنالیز BLASTn و BLASTx نشان داد که این توالی ها متعلق به ویروس ساقه شیاری سیب هستند و در مقایسه با دیگر جدایه-های این ویروس در ژن بانک، جدایه K با جدایه BR-Gala1 از برزیل و جدایه Mn18 با جدایه 13TF138 از کانادا بیشترین تشابه نوکلئوتیدی را نشان دادند. همچنین، این دو جدایه در مقایسه با هم 3/96% تشابه نوکلئوتیدی داشتند. در آنالیز نوترکیبی، سیگنالی مبنی بر نوترکیب بودن این دو جدایه شناسایی نشد. در آنالیز تبارزایی بر اساس توالی کامل ژنوم، جدایه‌های موجود در ژن بانک همراه با دو جدایه این تحقیق در دو گروه مجزا قرار گرفتند که جدایه های این تحقیق در گروه دوم و زیر گروه W1همراه با جدایه هایی از کانادا، برزیل، آلمان و چین قرار گرفتند. در بررسی ژنتیک جمعیت شش منطقه از ژنوم این ویروس، چهار منطقه دارای فشار انتخاب منفی قوی ولی دو منطقه با عملکرد نامشخص دارای فشار انتخاب مثبت بودند. بررسی های آنالیز تبارزایی و ژنتیک جمعیت این ویروس نشان داد که به احتمال زیاد شرق آسیا منشا این ویروس می باشد. این اولین گزارش از تعیین توالی کامل ژنوم ویروس ساقه شیاری سیب در ایران است.
پژوهشگران	آدریان جان گیبس (استاد مشاور)، محمد حاجی زاده (استاد راهنما)، شهره شکری (دانشجو)