مشخصات پژوهش

عنوان	شناسایی متوقف کننده های پروتئاز اصلی ویروس مرس با استفاده از روش های محاسباتی شیمی
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	ویروس مرس، غربالگری مجازی، طراحی دارو به کمک کامپیوتر، داکینگ مولکولی
چکیده	تمامی ویروس های کرونا از جمله MERS-COV برای بلوغ و تکثیر خود نیازمند فعالیت پروتئولیتیک نوعی پروتئاز به نام nsp5 (3CLpro) هستند که این خود می تواند هدف ارزشمندی به منظور ساخت و توسعه داروهای ضد کرونا ویروس خصوصاً با استفاده از روش های شیمی محاسباتی باشد. به همین دلیل، در این پژوهش به منظور یافتن مهارکننده های پروتئاز اصلی MERS-COV 3CLpro، لیگاند R30 و پذیرنده 4YLU انتخاب شده وکتابخانه VS-USR با تعداد 23129049 مولکول، با استفاده از روش های غربالگری مجازی لیگاند مبنا مورد مطالعه قرار گرفت. در ادامه با استفاده از الگوریتم USR 100 ترکیب با بیشترین مشابهت انتخاب و در قدم بعدی خواص فارماکوکنیتیکی تمامی مولکول ها با کمک مدل های وب سرور SwissADME پیش بینی شدند. سپس، آیتم های جذب در روده، ماندگاری در بدن، عبور از سد خونی مغزی، تأثیر بر 5 آنزیم کبدی (CYP1A2، CYP2C19، CYP2C9، CYP2D6، CYP3A4) و پیروی از پنج قانون لیپینیسکی بر روی آن ها به عنوان فیلتر اعمال شدند. از این میان 12 مولکول مشابه با لیگاند R30 به عنوان ورودی مرحله بعد یعنی پیش بینی خواص سمیت به وسیله مدل های وب سرور Protox-II، انتخاب شدند که در نهایت با توجه به پیش بینی های خواص، تعداد 5 مولکول شرایط لازم را برای ورود به مرحله اتصال مولکولی داشتند. در نهایت باتوجه به بررسی نتایج انرژی اتصال، دو مولکول ZINC40484423 وZINC47163748C به عنوان بهترین متوقف کننده های پروتئین پذیرنده 4YLU انتخاب و معرفی شدند. نتایج در این پژوهش نشان داد که روش های غربالگری مجازی در انتخاب داروهای متوقف کننده پروتئاز اصلی MERS-COV 3CLpro کارآمد بوده و مولکول های انتخاب شده در این پژوهش دارای برتری های بیشتری از لیگاند اصلی هستند.
پژوهشگران	رئوف قوامی زروان (استاد راهنما)، بختیار سپهری (استاد مشاور)، افسانه فاتحی (دانشجو)