مشخصات پژوهش

عنوان	ردیابی، تحلیل تبارزایی و آنالیز ژنتیک جمعیت ویروس ساقه شیاری سیب بر اساس ژن پروتئین پوششی
نوع پژوهش	مقاله چاپ‌شده در مجلات علمی
کلیدواژه‌ها	آنالیز تبارزائی، زنجان، کردستان، کاپیلوویروس
چکیده	ویروس ساقه شیاری سیب (Apple stem grooving virus (ASGV)) یکی از ویروس های مهم درختان سیب است. در تحقیق حاضر به منظور ردیابی این ویروس، 87 نمونه مشکوک از برگ و پوست درختان سیب دارای علائم و فاقد علائم از مناطق غربی و جنوب غربی استان زنجان و شرق استان کردستان نمونه برداری انجام شد. پس از استخراج آران ای کل از 50 نمونه از بین نمونه های جمع آوری شده، ساخت دی ان ای مکمل با استفاده از آغازگر معکوس طراحی شده منطبق بر ژن کامل پروتئین پوششی انجام شد. در واکنش زنجیرهای پلیمراز، قطعه ای به طول 728 جفت باز مربوط به ژن کامل پروتئین پوششی ویروس ساقه شیاری سیب در 12 نمونه از باغات مختلف از منطقه زنجان و بیجار استان کردستان تکثیر شد. 9 محصول پی سی ار برای تعیین توالی انتخاب شد، از 9 محصول پیسیآر انتخاب شده چهار نمونه به صورت همسانه سازی شده در پلاسمید pTG19 و پنج محصول پی سی آر بصورت مستقیم توالی یابی شدند. نتایج تعیین توالی و مقایسه با پایگاه داده های بانک ژن نشان داد قطعات تکثیر یافته در پی سی آر مربوط به ژن پروتئین پوششی ویروس ساقه شیاری سیب است. آنالیز تبارزائی جدایه های تعیین توالی شده و توالی های به دست آمده از بانک ژن با استفاده از نرم افزار 7 MEGA و روش (NJ (Joining Neighbor و مدل Cantor Jukes نشان داد که جدایه-های ایرانی تازه ردیابی شده با جدایه هایی از ایران، هند، کره جنوبی و چین در یک خوشه قرار می گیرند. نتایج بررسی جهش ها نشان داد dS/dN جدایه های ایرانی نسبت به سایر جدایه ها کمتر است و بیشترین تبادل ژنی جدایه های ایرانی با جدایه های کره جنوبی و چین است. این اولین گزارش از این ویروس در منطقه زنجان است.
پژوهشگران	محمد حاجی زاده (نفر سوم)، داود کولیوند (نفر دوم)، مهسا محمدلو (نفر اول)