مشخصات پژوهش

عنوان	شناسایی مولکولی ویروس پیسک توت فرنگی Strawberry mottle virus (SMoV) از باغات توت فرنگی استان کردستان بر اساس منطقه 3΄NCR
نوع پژوهش	مقاله چاپ‌شده در مجلات علمی
کلیدواژه‌ها	آلودگی ویروسی، فاصله ژنتیکی، تبارزایی، توت فرنگی
چکیده	در تابستان 1397، علائم ویروسی شامل پیسک، بدشکلی و سوختگی حاشیه برگ ها از باغات توت فرنگی استان کردستان مشاهده و تعداد 48 نمونه برگی جمع آوری شد. ابتدا برخی نمونه ها به گیاه محک Fragaria vesca با استفاده از شته ناقل توت فرنگی (Chaetosiphon fragaefolii) تلقیح شدند که علایم مطابق با Strawberry mottle virus (SMoV) ظاهر شدند. سپس، آر ان ای کل از نمونه ها با روش سیلیکا استخراج و دی ان ای مکمل آن ها با آغازگرهای تصادفی شش تایی ساخته شد. PCR با آغازگرهای اختصاصی SMoV- Sm2ncr1a و SMoV-Smdetncr4a انجام و قطعه ای به طول 461 جفت باز در 58 درصد (28 نمونه) از نمونه های مورد مطالعه تکثیر گردید. به منظور اطمینان از نتیجه RT-PCR، بررسی مشخصات مولکولی و تبارزایی این ویروس، پنج جدایه بر اساس منطقه جغرافیایی، رقم میزبان و نوع علایم انتخاب و پس از الحاق به پلاسمید pTG-19 در باکتری Escherichia coli انتقال و پلاسمیدهای نوترکیب همسانه شده تعیین توالی شدند. در آنالیز تبارزایی جدایه های این ویروس جدایه-های این تحقیق با چهار جدایه از کانادا و دو جدایه از آلمان و دو جدایه از چین در گروه اول قرار گرفتند. میانگین فاصله ژنتیکی در بین جدایه های توالی یابی شده در این تحقیق در سطح نوکلئوتیدی 002/0 ± 005/0 و با سایر جدایه های موجود در GenBank 008/0 ± 084/0 بود. مقایسه دوبه دوی توالی های نوکلئوتیدی نشان داد که بیشترین و کمترین فاصله ژنتیکی به ترتیب میان جدایه K3 با جدایه NSper51 از کانادا (015/0 ± 093/0) و جدایه SQA یا AG با جدایه NB926 از کانادا (007/0 ± 019/0) وجود داشت. این اولین گزارش از شناسایی این ویروس در مزارع توت فرنگی استان کردستان می باشد.
پژوهشگران	محمد حاجی زاده (نفر دوم)، نسرین قادری زندان (نفر اول)