مشخصات پژوهش

عنوان	ردیابی و شناسایی مولکولی ویروس های آلوده کننده درختان سیب در استان کردستان
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	ویروس لکه برگی کلروتیک سیب، ویروس ساقه شیاری سیب، ویروس موزاییک سیب، ویروس ساقه ابله ای سیب
چکیده	سیب به دلیل ارزش غذایی و صادراتی آن، یکی از محصولات مهم باغبانی در ایران به شمار می رود. در این پژوهش به منظور ردیابی و شناسایی مولکولی چهار ویروس Apple stem grooving virus (ASGV) ، (ASPV) Apple stem pitting virus ، (ACLSV) Apple chlorotic leaf spot virus و (ApMV) Apple mosaic virus ، نمونه برداری طی سال های 1396 و 1397 از برگ درختان سیب دارای علائم و در برخی موارد فاقد علائم ویروسی از باغات سیب استان کردستان انجام شد. استخراج RNA با روش سیلیکا از 174 نمونه برگی انجام شد. سپس، cDNA با آغازگرهای شش تایی تصادفی ساخته شد و حضور این چهار ویروس با آغازگرهای اختصاصی هر ویروس در آزمون RT-PCR بررسی شد. نتایج RT-PCR حاکی از آلودگی 36 نمونه به ASPV، 18 نمونه به ASGV و 17 نمونه به ACLSV بود و 17 نمونه بطور هم-زمان به چند ویروس آلوده بودند. ApMV در طی این تحقیق با وجود مشاهده علائم مشخصه آن بر روی برخی از نمونه ها، ردیابی نشد. به منظور تایید نتایج RT-PCR و آنالیز تبارزایی و تعیین مشخصات مولکولی ویروس های ردیابی شده، ژن کامل پروتئین پوششی (CP) ACLSV و ASGV بترتیب با اندازه های 589 و 714 جفت بازی از شش نمونه تکثیر و پس از اتصال در پلاسمید pTG19، در باکتری E. coli ترانسفورم و تعیین توالی شدند. همچنین، قسمتی از ژن CP از دو جدایه ویروس ASPV به صورت مستقیم توالی یابی شد. در بررسی تبارزایی،جدایه های ACLSV در گروه تبارزایی شناخته شده B6 در کنار جدایه هایی از ژاپن، چین، برزیل، لیتوانی، لتونی، هند و آلمان ، ASGV در گروه اول در کنار جدایه هایی از هند، چین، جمهوری چک، کره جنوبی، صربستان، ترکیه و ویروس ASPV در گروه اول در کنار جدایه هایی از چین، هند و کره جنوبی قرار گرفتند. میزان تنوع ژنتیکی جدایه های این تحقیق برای ACLSV و ASGV به ترتیب 007/0±0651/0 و 001/0±0053/0 محاسبه شد. همچنین دو جدایه ASPV توالی یابی شده در این تحقیق 6/99٪-3/97٪ با هم تشابه داشتند. بیشترین قرابت جدایه های این تحقیق با سایر جدایه های دنیا، در مورد ویروس ACLSV بیشترین قرابت بین جدایه D4 با BR از کشور برزیل و ویروس ASGV بین جدایه D3 با QY از کشور چین و ویروس ASPV بین جدایه NS با Palampur از کشور هند بود. بر اساس اطلاعات موجود، این اولین گزارش از حضور ASGV, ASPV, ACLSV در باغات استان کردستان هستند.
پژوهشگران	محمد حاجی زاده (استاد راهنما)، کمال شجاعی (دانشجو)