مشخصات پژوهش

عنوان	ردیابی و تعیین مشخصات مولکولی ویروئید موزائیک نهان هلو از هسته داران در استان کردستان
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	تبارزایی، تنوع ژنتیکی، ساختار ثانویه، ویروئید موزائیک نهفته هلو، همسانه سازی
چکیده	ویروئیدها، مولکول های RNA، فاقد پوشش پروتئینی، حلقوی، تک رشته ای، کوچک با طول 246 تا 401 نوکلئوتید وغیر کد کننده پروتئین هستند. ویروئید موزاییک نهفته هلو Peach latent mosaic viroid (PLMVd) از جنس Pelamoviroid و خانواده Avsunviroidae، گونه های مختلف جنس Prunusرا آلوده نموده و گسترش جهانی دارد. به منظور بررسی حضور و تعیین مشخصات مولکولی PLMVd در استان کردستان، طی بهار و تابستان 1394 و 1396 تعداد 132 نمونه برگی از هلو، آلو، زردآلو، شلیل، گیلاس، بادام و آلبالو از باغات استان جمع آوری شد. استخراج اسید نوکلئیک کل با استفاده از روش سیلیکا و سنتز cDNA با استفاده از آغازگرهای تصادفی شش تایی انجام شد. PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصی RF44/ RF43 منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار bp350 در 36 نمونه شد.در مراحل بعدی تحقیق، فرآورده PCR نمونه های K2, K5, K6, K9, D6 و S2 به صورت مستقیم و نمونه های KH10, BH5, D1, D2, D4, K3, Ba.8, Bsh4, Bsh9, S1 و MH35 پس از اتصال به پلاسمید pTG19-T و همسانه سازی در باکتری E. coli DH5α با استفاده از آغازگر T7 promoter تعیین توالی شدند. توالی های به دست آمده PLMVd در بانک ژن ثبت و هم ردیف سازی این توالی ها با سایر توالی های این ویروئید، موجود در بانک ژن نشان داد که 97% تشابه نوکلئوتیدی بین جدایه های این تحقیق و 100-78% با سایر جدایه های گزارش شده وجود دارد. در بررسی تبارزایی، جدایه ها ی حاصل از این تحقیق با 23 جدایه ثبت شده در بانک ژن در سه گروه (I, II, III) قرار گرفتند که همه جدایه های این تحقیق در گروه I (جدایه های ایجاد کننده موزائیک) با جدایه هایی از هند، چین، اسپانیا، تونس، استرالیا و ایران هم گروه شدند. ساختار ثانویه ترسیم شده برای جدایه های D1 و KH10 حاکی از ساختارهای جدید در این جدایه ها بود. بنابر اطلاعات موجود، این اولین گزارش از ردیابی PLMVd از میزبان-های هسته دار استان کردستان و از میزبان های زردآلو، گیلاس، بادام و آلبالو برای ایران می باشد.
پژوهشگران	محمد حاجی زاده (استاد راهنما)، مهستی کاراگاهی (دانشجو)