مشخصات پژوهش

عنوان	ردیابی برخی ویروس های مهم درجالیزکاری های استان کردستان با روشRT-PCR
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	: آرتی-پی سی آر، استان کردستان، همسانه سازی، CMV, ZYMV, CGMMV
چکیده	ویروس های موزائیک خیار (CMV)، موزائیک زرد کدو (ZYMV) و موزائیک پیسک سبز خیار (CGMMV) با گسترش جهانی، دارای تهدید جدی برای محصولات کشاورزی هستند و هر ساله باعث خسارت جدی از نظر کیفی و کمی می شوند. در پژوهش حاضر به منظور ردیابی این سه ویروس از مزارع جالیز استان کردستان طی بهار، تابستان و پاییز سالهای 1392، 1393 تعداد 81 نمونه برگی بادمجان، خیار، فلفل، کدو، گوجه فرنگی و لوبیاسبز مشکوک به آلودگی جمع آوری شد. علائم عمدتاً شامل موزاییک، بدشکلی، رگ نواری، لکه های نکروتیک و کوتولگی بودند. در مایه زنی مکانیکی، عصاره برگ نمونه های مشکوک به آلودگی با این سه ویروس روی گیاهان محک سلمه تره (Chenopodium quinoa)، خیار (Cucumis sativus)، کدو (Cucurbita pepo)، توتون (Nicotiana tabacum) و لوبیاسبز (Phaseolusvulgaris) با بافر فسفات پتاسیم 1/. مولار و pH=7 مایه زنی شدند. دو نمونه W1 و ZMK4بعد از مایه زنی در گیاه خیار با ایجاد علائم بدشکلی منجر به انتقال CMV و ZYMV شدند. به منظور ردیابی ویروس های مورد نظر، استخراج آران ای کل از نمونه های مشکوک انجام و سنتز دی ان ای مکمل با استفاده از آغازگرهای تصادفی شش تایی انجام شد.CMV و ZYMV در 21% از نمونه ها ردیابی شد ولی CGMMV یافت نشد. آلودگی مخلوط CMV/ZYMV در شش نمونه (5/7%) دیده شد.پی سی آر با آغازگرهای اختصاصیCMV(f)/CMV(r) و ZYMV(f)/ZYMV(r) به ترتیب منجر به تکثیر قطعه ی مورد انتظار به طول bp867 مربوط به CMVو قطعه bp432 مربوط به ZYMVاز ژن پروتئین پوششی در 17 نمونه آلوده به این ویروس شد ولیCGMMV در هیچکدام از نمونه ها ردیابی نشد.به منظور بررسی صحت قطعات تکثیر یافته فرآورده پی سی آر دو نمونه W1 و Z3 با قطعه ی bp867 به صورت مستقیم و قطعه bp432 مربوط به ایزوله B21پس از همسانه سازی برای تعیین توالی فرستاده شدندبدین منظور فرآورده پی سی آر به پلاسمید pTG19-T متصل و در باکتری E. coliDH5αکلون شد. باکتری های ترانسفورم شده با پلاسمید نوترکیب روی محیط کشت حاوی آمپی سیلین، IPTG و X-Gal انتخاب و غربال شده و پلاسمید نوترکیب حاوی قطعه پی-سی آر، از باکتری های ترانسفورم شده استخراج گردید. پلاسمیدهای نوترکیب با استفاده از آغازگر T7 promotor تعیین توالی شد و توالی های CMV و ZYMV در بانک ژن ثبت گردید. هم ردیف سازی توالی CMV،8/98 % تشابه بین ایزوله های Z3 و W1 را نشا
پژوهشگران	داوود کولیوند (استاد مشاور)، محمد حاجی زاده (استاد راهنما)، کژال محمدی (دانشجو)