مشخصات پژوهش

عنوان	مطالعه نظری واکنش کاتالیستی آنزیم گلی اکسالاز I مربوط به باکتری اشریشیاکلی
نوع پژوهش	پایان نامه
کلیدواژه‌ها	گلی اکسالازI، مکانیسم کاتالیستی، نظریه تابعی چگالی، روش کلاستر
چکیده	در این پروژه از نظریه تابعی چگالی برای مطالعه مکانیسم واکنش کاتالیستی آنزیم گلی اکسالازI مربوط به باکتری اشریشیاکلی استفاده شده است. ساختار نقاط ایستا در طول مسیر واکنش بهینه شده و نیم رخ انرژی پتانسیل واکنش به دست آمده است. اثر حلال روی نیم رخ انرژی واکنش با مدل CPCMمحاسبه گردید. برای مطالعات اثرات الکترونی، بار اتم ها در حین واکنش توسط آنالیز NBO محاسبه شد. برای مدل سازی جایگاه فعال آنزیم، از روش کلاستر استفاده شده است. سه مدل از جایگاه فعال آنزیم بر اساس ساختار کریستالی آن با استفاده از روش کلاستر ساخته شد. این مدل ها از نظر اندازه و نحوه ثابت کردن اتم ها از یکدیگر متفاوت هستند. مطالعه حاضر نشان می دهد که آمینواسید Glu56 با جدا کردن یک پروتون از سابستریت، واکنش کاتالیستی را آغاز می کند. سپس همان پروتون از Glu56 به حدواسط ان دی اولات انتقال می یابد که در این مرحله همزمان یک انتقال پروتون از اکسیژن الکلی سوبسترا به Glu122 نیز اتفاق می افتد. در نهایت برای تشکیل محصول انتقال پروتون از Glu122 به سابستریت بررسی شد که نتایج به دست آمده عدم انتقال را نشان دادند. لذا پیشنهاد شد که کمبود پروتون برای ایجاد محصول از محیط تامین می شود. محاسبات نشان دادند که مسیر واکنش وابسته به نوع و اندازه مدل های مورد بررسی نیست، هر چند که نیم رخ انرژی پتانسیل وابسته به اندازه و انعطاف پذیری مدل است.
پژوهشگران	مهدی ایرانی (استاد راهنما)، بهناز فرشیدفر (دانشجو)