|
عنوان
|
بهینه سازی استخراج اسید نوکلئیک و آرتی- پی سی آر برای ردیابی جدایه های ویروس برگ بادبزنی مو از تاکستان های شمال غرب کشور
|
|
نوع پژوهش
|
مقاله چاپ‌شده در مجلات علمی
|
|
کلیدواژه‌ها
|
آران ای کل، بازدارنده، دی ان ای مکمل رشته ی اول، فنل-کلروفرم، واکنش زنجیره ای پلیمراز، ویروس برگ بادبزنی مو
|
|
چکیده
|
یکی از عوامل بازدارنده واکنش زنجیره ای پلیمراز در ردیابی ویروس در درختان میوه، از جمله مو، وجود ترکیبات فنلی و پلی ساکاریدها در بافتهای آن ها می باشد که از طرفی موجب تجزیه اسید نوکلئیک استخراج شده می شوند و از سوی دیگر از عمل آنزیم دی ان ای پلیمراز جلوگیری می کنند. در این بررسی، دو روش موسوم به فنل- کلروفرم و روش بدون فنل- کلروفرم، برای استخراج آران ای کل از درختچه های مو مشکوک به آلودگی با ویروس برگ بادبزنی مو (Grapevine fanleaf virus، GFLV) بکار گرفته شد. در مراحل بهینه سازی آرتی-پی سی آر، سنتز دی ان ای مکمل رشته ی اول با یکی از آغازگرهای اختصاصی A3300) (S2515 , یا آغازگر d(T) 16 Oligo انجام شد و متعاقب آن پی سی آر با دو جفت آغازگر اختصاصی (CP 433V، CP 912C) و A3300) (S2515 , ، روی نمونه شاهد و نمونه های جمع آوری شده که آر ان ای کل از آنها با دو روش مذکور استخراج شده بود، انجام گرفت. نتایج نشان داد که روش فنل- کلروفرم برای حذف مواد بازدارنده فنلی و پلی ساکاریدها در استخراج آران ای از درختچه مو مناسب نبوده است و این مواد در انجامPCR و عمل آنزیم ها اختلال ایجاد کرده اند اگرچه قطعات مورد انتظار از سلمه تره آلوده به GFLV افزایش داده شدند. با بکارگیری روش بدون فنل- کلروفرم و سپس آغازگر d(T)16 Oligo در مرحله سنتز دی ان ای مکمل رشته ی اول و آنگاه آغازگر های S2515/A3300 یا CP433V/CP912C در مرحله PCR، قطعات دی ان ای مورد انتظار به ترتیب به طول حدود 810 یا 480 جفت باز از ژن پروتئین پوششی ویروس تکثیر شدند. بدین ترتیب شیوع ویروس برگ بادبزنی مو در استان های آذربایجان شرقی و اردبیل برای اولین بار محرز شد و زمینه برای شناسائی مولکولی جدایه های این ویروس فراهم گردید.
|
|
پژوهشگران
|
محمد حاجی زاده (نفر اول)، شهرزاد نیکخواه (نفر چهارم)، نعمت سخندان بشیر (نفر دوم)، غلامرضا نیکنام (نفر سوم)
|