به منظور مقابله با پیامدهای فشار تخریبی ساکنان محلی بر تنوع ژنتیکی جنگل های غالباً بلوط زاگرس، شناسایی مراکز تنوع ژنتیکی و مدیریت پایدار ذخایر ژنتیکی این جنگل ها ضروری است. هدف از این مطالعه، بررسی تنوع ژنتیکی در میان 150 پایه مازودار (Quercus infectoria) برگرفته از 10 جمعیت طبیعی این گونه درجنگل های زاگرس شمالی با استفاده از نشانگر چندشکلی کدون آغاز هدف (SCoT)وخصوصیات ریخت شناختی و بیوشیمیایی برگ بود. بر اساس خصوصیات ریخت شناسی و بیوشیمیایی برگ تنوع بالایی در جمعیت های مورد مطالعه وجود داشت. تجزیه خوشه ای مبتنی بر داده های ریخت شناسی و بیوشیمیایی جمعیت های را در سه خوشه اصلی گروه بندی کرد. از مجموع 10 آغازگر SCoT مورد استفاده 136 نوار تکثیر شد که از این تعداد، 135 نوار (99 درصد) چندشکل بودند. با تفکیک تنوع ژنتیکی مشاهده شده در جمعیت ها توسط تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) مشخص شد که بخش عمده تنوع ژنتیکی(76 درصد) مربوط به درون جمعیت هاست. اما، بین جمعیت ها هم تفاوت معنی داری وجود داشت. به نظر می رسد که جریان ژنی گسترده ناشی از گرده افشانی وسیع گونه های بلوط به کمک باد یکی از عوامل اصلی ایجاد کننده چنین وضعیتی است. تجزیه خوشه ای مبتنی بر نشانگر SCoT، جمعیت های مورد مطالعه را بدون این که رابطه مشخصی با منشا جغرافیایی آن ها داشته باشد در خوشه های مجزا گروه بندی کرد. اطلاعات این مقاله می تواند برای پایه ریزی راهبردهای حفاظت از ذخایر ژنتیکی مازودار در جنگل های زاگرس سودمند باشد.