به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی،33ژنوتیپ گندم شامل 31 ژنو تیپ گندم نان ((T. aestivum، به همراه دو رقم گندم دوروم (T. durum)، از مناطق مختلف ایران با استفاده از37 نشانگر SSR از دو نوع ژنومی وEST مورد بررسی قرار گرفتند. در مجموع 120 آلل با میانگین 48/4 برای SSR ژنومی و6/3 برای نوع EST-SSR مشاهده شد. نشانگرهایXgwm11(نوع ژنومی) و edm16(نوعEST) با 2 آلل کم ترین ونشانگر ژنومیXwmc617 با 9 آلل بیشترین تعداد آلل تکثیر شده را داشتند.گروهبندی ژنوتیپ ها با استفاده از الگوریتم UPGMA و ضریب تشابه دایس، بیشترین مطابقت را با اطلاعات شجره ای در دسترس ژنوتیپها داشت. نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد محتوای چند شکلی (PIC) نشانگرهای ژنومی بیشتر از نوع EST بود. اما ترکیب این دو نوع نشانگر برای تفکیک و گروه بندی ژنوتیپهای گندم نان مفید ارزیابی شد.