نمونه های با علایم پوسیدگی ریشه از سیلو و مزارع چغندرقند واقع در استان های اصفهان، کرمانشاه، خوزستان و آذربایجان غربی در سال های 97-96 جمع آوری گردید. در مجموع 48 جدایه باکتری از بافت های آلوده جداسازی و مورد آزمون قرار گرفت. سه جدایه با بیشترین توانایی در ایجاد پوسیدگی انتخاب شدند. جدایه Isf19 و جدایهKh2 به ترتیب با 86/99% و 36/99% دارای بیشترین شباهت نوکلئوتیدی با Bacillus pumilus و Enterobacter roggenkampii بوده و توانایی ایجاد پوسیدگی نرم در دیسک های چغندر قند را داشتند. همچنین جدایه Buk12 با 79/99% دارای بیشترین شباهت با Pseudomonas thivervalensis بوده و قادر به ایجاد پوسیدگی خشک در چغندرقند بود. جداسازی باکتری های اندوفیت از گیاهان چغندرقند و چغندر وحشی نمونه برداری شده از سه استان اصفهان، کرمانشاه و خوزستان انجام گرفت. جدایه ها براساس خصوصیات فنوتیپی، بیوشیمیایی، محرک رشدی و کنترل زیستی تقسیم بندی و تاثیر همستیزی باکتری های اندوفیت منتخب از هر گروه برعلیه عوامل مولد پوسیدگی نرم چغندر قند، Bacillus sp.Isf19 و Enterobacter sp.Kh2 و همچنین عامل مولد پوسیدگی خشک، Pseudomonas sp.Buk12 در شرایط آزمایشگاهی و در غده های چغندرقند بررسی شد. نتایج نشان داد جدایه های Bt851 Pseudomonas sp. و Dez632، Sh622، B86 Streptomyces sp. برعلیه بیمارگر Bacillus sp.Isf19 و پنج جدایه Sh800 Streptomyces sp. و Bacillus sp. Andi542، Bacillus sp. H274، Pseudomonas sp.B451، B186 Bacillus sp. در مقابل جدایه بیمارگر Entrobacter sp. Kh2 بیشترین توانایی همستیزی را داشتند. همچنین، جدایه های Bt870 sp. Staphylococcus و Sh800 Streptomyces sp. ، Bacillus sp. Andi542، B451 Pseudomonas sp. ، Bacillus sp. S411، B86 Streptomyces sp. بیشترین توانایی همستیزی را برعلیه Pseudomonas sp.Buk12 داشتند. تاثیر متابولیت های فرار سویه های اندوفیت بر فاکتورهای مرتبط با بیماریزایی سه بیمارگر سنجیده شد. همچنین تاثیر اندوفیت ها بر مقاومت در غده های چغندرقند بر علیه بیمارگر Bacillus sp.Isf19 با استفاده از ژن های PR1 و NBS-LRR2 سنجیده شد.