|
عنوان
|
تأثیر نقص و خطا در شجره ی پدری بر برآورد پارامترهای ژنتیکی و پیش بینی ارزش اصلاحی در گاوهای شیری با داده های مزرعه ای و استفاده از شبیه سازی کامپیوتری
|
|
نوع پژوهش
|
پایان نامه
|
|
کلیدواژه‌ها
|
اثربخشی انتخاب، خطای شجره، شبیه سازی تصادفی، نقص شجره، همبستگی رتبه ایی
|
|
چکیده
|
فراهم بودن شجره کامل و دسترسی به روابط خویشاوندی صحیح میان حیوانات، به عنوان یکی از فرضیات ارزیابی ژنتیکی حیوانات با معادلات مختلط است. در این پژوهش با هدف بررسی تأثیر نقص و خطا در شجره ی پدری بر برآورد پارامترهای ژنتیکی و پیش بینی ارزش اصلاحی، از داده های مزرعه ایی جمع آوری شده از مرکز اصلاح نژاد کشور و داده های شبیه سازی شده استفاده شد. در داده های مزرعه ایی از اطلاعات داده و شجره 100 گله بزرگ گاوهای شیری تحت پوشش مرکز اصلاح نژاد دام ایران، شامل 302860 رأس گاو شیری در دوره ی اول شیردهی مورد استفاده قرار گرفت. به منظور تهیه ی فایل شجره کامل، اجداد حیوانات دارای رکورد توسط نرم افزار DMUTrace از فایل کلی مرکز اصلاح نژاد دام ردیابی و استخراج شدند و درنهایت جمعیت شجره کامل به 382557 رأس رسید. در مرحله بعد به کمک برنامه R و به طور تصادفی سطوح 4، 8، 12، 16، 20، 24 درصد از مشخصات ثبت شده پدران حذف و یا با اطلاعات سایر پدرها جابجا شد. هر کدام از سناریوها در پنج مرتبه تکرار شد و با استفاده از مدل حیوانی و با بهره گیری از بهترین پیش بینی نااریب خطی (BLUP) توسط نرم افزار DMU ارزیابی حیوانات صورت گرفت. برای شبیه سازی دادها، با استفاده از نرم افزار R یک جمعیت برای سه صفت با وراثت پذیری های 0.10، 0.25 و 0.40 شبیه سازی شد. پارامترهای مورد نیاز برای شبیه سازی شامل: تعداد نسل، سیستم آمیزشی و شدت انتخاب در حیوانات نر و ماده بر اساس داده های مزرعه ایی استخراج شد. تاثیر نرخ کامل بودن شجره بر رتبه بندی حیوانات نیز با استفاده از نرم افزار SAS و با معیار همبستگی رتبه ایی در چهار سطح از حیوانات برتر، برآورد شد. در تمام سطوح وراثت پذیری، صحت انتخاب، بر اساس همبستگی ارزش های اصلاحی واقعی و پیش بینی شده، با افزایش نقص و خطا روندی کاهشی را نشان داد. نتایج بیانگر تاثیرپذیری نامطلوب رتبه بندی حیوانات از ارزیابی با شجره های ناقص و دارای خطا بود. همچنین اثرات زیان بار خطا در شجره بر رتبه بندی حیوانات، حدود 1/1 برابر بیشتر از نقص در شجره بود. پیشرفت ژنتیکی بر اساس شجره های ناقص و دارای خطا، به ویژه برای صفات با وراثت پذیری کم و متوسط، کمتر از حد انتظار پیش بینی شد. به طور کلی وجود نقص و خطا در ماتریس روابط خویشاوندی منجر به برآورد اریب پارامترها، کاهش صحت ارزش های اصلاحی و رتبه بندی ناصحیح حیوانات
|
|
پژوهشگران
|
رستم عبداللهی آرپناهی (استاد مشاور)، محمد رزم کبیر (استاد راهنما)، فرید فتحی (دانشجو)
|