آلودگی عناصر شیمیایی یکی از عوامل اصلی تخریب محیط زیست محسوب می گردد. در میان آلاینده های شیمیایی فلزهای سنگین به لحاظ تاثیرهای اکولوژیکی، بیولوژیکی و بهداشتی از اهمیت ویژه ای برخوردارند. فلزهای سنگین به دلیل زهری بودن برای گیاهان، ریزجانداران و انسان به عنوان مصرف کننده محصولات گیاهی بسیار مورد توجه قرار گرفته اند. این پژوهش با هدف ارزیابی پیامد کاربرد کود مرغی و گاوی، کاه سیب زمینی و کلزا در یک خاک آلوده به عناصر سنگین سرب، روی و کادیوم بر برخی از ویژگی های بیولوژیکی خاک انجام شد. در این پژوهش خاک آلوده به عناصر سرب، روی و کادمیوم با کودهای آلی مرغی، گاوی، کاه سیب زمینی و کلزا (به مقدار20 گرم بر کیلوگرم) به همراه شاهد درسه تکرار تیمار شد. در کنار آزمایش های مرسوم خاک، برخی ویژگی های بیولوژیکی خاک مانند تنفس پایه، شمارش فراوانی کل باکتری ها و قارچ ها در خاک انجام شد. با مقایسه نتایج به دست آمده فراوانی کل باکتری ها و قارچ ها در تیمار کاه سیب زمینی بیشترین و در خاک بدون تیمار کمترین میزان بود. همچنین بیشترین میزان تنفس پایه در تیمار کاه کلزا و کمترین آن در خاک بدون تیمار بود. به طور کل پیامد کاربرد کودهای آلی بر فراوانی و کارکرد ریزجانداران خاک چشم گیر است.