جنس Allium ، بهویژه زیر جنس Melanocrommyum شامل بخشهایی است که از لحاظ تاکسونومیکی بسیار پیچیده بوده و محتوای بخشهای آن در طول زمان به دفعات بازبینیشده است. در مطالعهی حاضر ارتباط بین 32 اکوتیپ متعلق به 10 گونه مختلف از جنس Allium، با استفاده از نشانگر ISSR مورد بررسی قرار گرفت. 9 آغازگر مورد استفاده، 166 باند چند شکل را تولید کردند (متوسط 18 باند به ازای هر آغازگر). از بین آغازگرهای مورد استفاده، آغازگر ISSR873، با 27 نوار، بیشترین و آغازگر ISSR4 با 2 نوار کمترین تعداد نوار چندشکل را ایجاد نمودند. PIC نشانگرها بین 04/0 تا 43/0 متغیر بود. تجزیه خوشهای به روش UPGMA و تجزیه به مختصات اصلی، اکوتیپ های موردمطالعه را در چهار گروه قرار داد. نتیجه خوشه بندی و تجزیه به مختصات اصلی نشان داد که بیشتر گونههایی که از لحاظ ریخت شناختی به هم شبیه هستند در گروههای نزدیک به هم قرار گرفتند. این مساله میتواند تک نیا بودن گونههای موردمطالعه را تایید کند. اگرچه اکوتیپی از گونه A. hooshidaryae نزدیک به گونه A. saralicum در بخش Melanocrommyum قرار گرفت که این احتمالاً میتواند با حوزه پراکنش جغرافیایی یکسان آنها توجیه شود. بر اساس ضریب تشابه Dice، بیشترین درصد تشابه در بین اکوتیپهای 4 A. stipitatum و A. saralicum 4 (72%) و کمترین شباهت در بین اکوتیپهای مربوط به گونههای A. tripedale و A. iranicum (12 %) برآورد شد. اکوتیپ های با کمترین درصد تشابه به زیر جنس های Allium و Nectaroscordum تعلق دارند که در خوشههای مجزا قرار گرفتند.