1403/03/05
پرهام مرادی دولت آبادی

پرهام مرادی دولت آبادی

مرتبه علمی: دانشیار
ارکید:
تحصیلات: دکترای تخصصی
اسکاپوس: 654
دانشکده: دانشکده مهندسی
نشانی: دانشگاه کردستان، دانشکده مهندسی، گروه مهندسی کامپیوتر
تلفن:

مشخصات پژوهش

عنوان
مدل سازی شبکه های تنظیمی بیان ژن در برخی از بافت های گاو
نوع پژوهش
پایان نامه
کلیدواژه‌ها
ریزآرایهDNA، تپه نوردی، ساختارشناختی، غنی سازی، معادلات ساختاری
سال 1397
پژوهشگران امین مرتضوی(دانشجو)، امیر رشیدی(استاد راهنما)، مصطفی قادری زفره ای(استاد مشاور)، پرهام مرادی دولت آبادی(استاد مشاور)، محمد رزم کبیر(استاد مشاور)

چکیده

هدف از این پژوهش استخراج روابط علّی- معلولی بین ژن های متفاوت بیان شده مؤثر بر صفات مهم گونه گاو شامل ورم پستان، چربی بین عضلانی، سیستم ایمنی و آبستنی با استفاده از داده های ریزآرایهDNA بود. بدین منظور داده های پنج سری آزمایش با شماره های دسترسی GSE75347 (عضله )، GSE24560 (غدد پستانی)، GSE25319 (کبد)، GSE33030 (رحم) و GSE23348 (تخمدان) از پایگاه بیان ژن GEO استخراج شد. پنج درصد ژن هایی که بیشترین میزان واریانس بیان ژنی را داشتند به عنوان ژن های متفاوت بیان شده، شناسایی شدند. برای استخراج روابط علّی- معلولی بین ژن ها از بسته نرم افزاریbnlearn در محیط R استفاده گردید. ژن های مشترک در بین 4 الگوریتم ساختار شناختی (درجه، نزدیکی، بینابینی و دور از مرکز)، به عنوان ژن های هاب در هر بافت و با استفاده از نرم افزار Cytoscape انتخاب شدند. برای تعیین بهترین مدل از روش مدل سازی معادلات ساختاری به دو شیوه تشخیص ارتباط بین ژن های هاب (5 حالت) و بین ژن های هاب و بافت (6 حالت) از معیار AIC و نرم افزار AMOS استفاده شد. در روش ژن محور، در بافت عضله ژن های CBR1 و LOC788826 در بافت غدد پستانی ژن های NID2، COL5A2،LOC616942 وFXYD3 در بافت کبد ژن های LOC100132279،MGC127133 ، MBOAT2،CLDN2 و ANKRD1 در بافت رحم ژن هایDGAT2 ،IGFBP1 ،CKMT1 و ISG15، در بافت تخمدان LOC286871 وINHBA به عنوان ژن های هاب شناسایی شدند. بعد از نگاشت کاوشگرهای هاب به ژن های متناظر در روش کاوشگر محور، در بافت غدد پستانی ژن-های ADAM12، C3، CFB،CHRDL1، NELL2، LOC507402 و JSP.1 در بافت کبد ژن های MICAL2، BOLA-DQB، MCF2،HAO1، FMO5 وJSP.1 ، در بافت رحم ژن های ADAMDEC1، SLC27A6، MAP2، IGFBP1، CFTR، BOLA-DQB و ANPEP در بافت تخمدان ژن های FABP3، FBXO32و HLA-DQA1و در بافت عضله GSTM3 به عنوان ژن های هاب شناسایی شدند. دسته بندی ژن های هاب شناسایی شده نشان داد اطلاعات حاصل از استخراج شبکه به روش ژن محور در مقایسه با روش کاوشگر محور متفاوت است. پس از اعتبار سنجی و تائید ژن های هاب حاصل از این پژوهش در پژوهش های آزمایشگاهی می توان از آن ها به عنوان زیست نشانگر در پژوهش های اصلاح نژاد استفاده کرد. مدل های حاوی اثرات همبستگی بین خطاها به عنوان بهترین حالات مدل سازی ساختاری برای نمایش روابط بین ژن های هاب و روابط بین ژن های هاب و بافت شناخته شد.