مازودار (Quercus infectoria) به عنوان یکی از گونه های مهم و شناخته شده بلوط در جنگل های زاگرس شمالی می باشد. گونه ای درختی و تک پایه است که گل های آن عمدتاً به کمک باد گرده افشانی می کنند. این گونه یکی از مولفه های مهم تولید و پایداری در جنگل های زاگرس شمالی است که از اهمیت اکولوژیکی و اقتصادی بالایی برخوردار است. در این مطالعه، ساختار و تنوع ژنتیکی درون- و بین جمعیتی 11 جمعیت متشکل از 121 ژنوتیپ این گونه در جنگل های زاگرس شمالی با استفاده از 7 لوکوس ریزماهواره ای هسته ای (nSSR) و 4 لوکوس ریزماهواره ای کلروپلاستی (cpSSR) بررسی شد. تجزیه لوکوس های cpSSR نشان داد که در مقایسه با داده های ریزماهواره ای ژنوم هسته ای (096/0 = GST) تمایز ژنتیکی جمعیتی بالایی بین جمعیت های مورد مطالعه وجود دارد (841/0 = GST). تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) داده های به دست آمده از هر دو نشانگر نشان داد که از تنوع ژنتیکی آشکارشده مبتنی بر لوکوس های هسته ای و کلروپلاستی به ترتیب 11 و 18% ناشی از تنوع ژنتیکی بین جمعیت هاست، که خود نمایانگر این است که بخش عمده تنوع ژنتیکی در درون جمعیت ها نهفته است. جریان ژنی (Nm) بر اساس لوکوس های هسته ای 969/2 و بر اساس لوکوس های کلروپلاستی 112/0 ژنوتیپ در هر نسل برآورد شد. نسبت نرخ جریان دانه گرده به جریان بذر بین جمعیت های مورد مطالعه 14 بود، که نشان دهنده این است که جریان دانه گرده بین جمعیت های مازودار چشمگیر و برعکس جریان بذر بین جمعیت ها ضعیف است. بر اساس آنالیز دندروگرام مبتنی بر داده های nSSR و cpSSR، ساختار ژنتیکی واضحی از جمعیت ها بر اساس دوری و نزدیکی جغرافیایی آنها ترسیم نشد. علاوه بر این، بر اساس، تشابه ژنتیکی محاسبه شده جمعیت ها، ساختار فیلوژئوگرافی دقیق و معینی هم بر اساس داده های لوکوس های کلروپلاستی به دست نیامد. یافته های این مطالعه می توانند در برنامه های حفاظت ژنتیکی و بهره گیری از ذخیره گاه های ژنتیکی این گونه مهم استفاده شوند.