تنوع ژنتیکی یکی از مولفه های مهم در حفظ کارکردهای اکولوژیکی و اقتصادی-اجتماعی، و بقای گونه های گیاهی به شمار می آید. آگاهی از الگوهای طبیعی تغییرپذیری ژنتیکی و پایه های تکاملی آن از اهمیت کاربردی بسیار بالایی در برنامه های مدیریت حفاظت از ذخیره گاه های ژنتیکی جنگل برخوردار است. بر اساس تئوری های ژنتیک جمعیت، از دست رفتن تنوع ژنتیکی یکی از تهدیدهای جدی فراروی حیات گونه های برخوردار از جمعیت های کوچک و مناطق جغرافیایی باریک به شمار می آید. نشانگرهای مولکولی ابزار مناسبی برای مطالعه الگوهای تنوع ژنتیکی در گونه های در معرض تهدید و آشکارسازی جنبه های اکولوژیکی و دموگرافیک مدیریت این گونه ها به منظور اجرای پروژه های حفاظت و احیای آنها فراهم می کنند. در میان این نشانگرها، نشانگرهای توالی تکراری ساده میانی (ISSR)، چندشکلی مناطق تکثیریافته بین رتروترانسپوزونی (IRAP) و چندشکلی نواحی هدف کدون شروع (SCoT) روش هایی مبتنی بر واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR)، سریع، و مقرون به صرفه هستند که با تکرارپذیری بالا جایگاه های ژنی را در ژنوم تکثیر می کنند. در این مطالعه به منظور مطالعه تنوع ژنتیکی بین و درون جمعیتی 15جمعیت زالزالک (Crataegus spp.) متشکل از 181 ژنوتیپ در زاگرس شمالی، از نشانگرهای ISSR استفاده شد. پس از انتخاب تصادفی حداقل 10 ژنوتیپ از هر جمعیت،DNA برگی این نمونه ها بر پایه روش CTAB استخراج و با استفاده از 13 آغازگرISSR الگوی الکتروفورزی تکثیر قطعات هدف این آغازگرها در ژنوم ژنوتیپ ها بدست آمد. این الگوها به کمک نسخه 1/4 نرم افزار Image Lab (بیوراد) به صورت ماتریس صفر و یک نمره دهی و بر اساس امتیازهای عددی مربوطه پارامترهای ساختار و تنوع ژنتیکی درون و بین جمعیت ها با استفاده از نرم افزارهای GenAlEx،POPGen ، XLSTAT و NTSYSpc-2.02 محاسبه شدند. از مجموع 130 نوار تکثیر شده از این آغازگرها، 116 نوار (94/88 درصد) چندشکل بودند. میانگین شاخص محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC)، میانگین شاخص نشانگر (MI) و نسبت چندگانه موثر (EMR) آغازگرها به ترتیب 28/0، 30/2 و 03/8 برآورد شد. نتایج تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که سهم تنوع ژنتیکی داخل جمعیتی از تنوع ژنتیکی کل بیشتر از سهم تنوع ژنتیکی بین جمعیتی بود (15 درصد در مقابل 85 درصد). بر اساس تجزیه و تحلیل ژنتیکی جمعیت ها میزان جریان ژنی 98/1 برآورد شد