مهدی ایرانی

علیرغم کاهش در میزان مرگ و میر ناشی از سرطان در دهه های اخیر، این بیماری همچنان مهمترین مسئله بهداشت جهانی و پس از بیماریهای قلبی عروقی دومین علت اصلی مرگ و میر در جهان است. سموم گیاهی از جمله ترکیبات طبیعی هستندکه برای تولید داروهای سیتوتوکسیک جدید علیه سرطان به کار می روند و اخیرا تمرکز بیشتری بر آنها شده است. ریسین از جمله توکسین های گیاهی است که جهت مقابله با سرطان بسیار مورد توجه محققین قرار گرفته است. در این پژوهش یک پروتئینهیبریدی بر پایه سم گیاهی ریسین که با اتصال آن از طریق لینکر به توالیهای پپتیدی متصل شونده به گیرنده HER2 طراحی شد. هدف از ایجاد این پروتئین شناسایی سلولهای سرطانی حاوی گیرنده HER2 می باشد. زنجیره A ی ریسین به وسیله دو نوع لینکر انعطاف پذیر) GGGGS ( و سخت ) EAAAK ) به توالیهای پپتیدی شناسایی کننده گیرنده HER2 ( KCCYSL, WYSWLL,MARSGL, MARAKE ,MSRTMS, WYAWML ( متصل شده تا توالی پروتئینهای هیبرید مد نظر برای مرحله همولوژی مدلینگ آماده شوند. ساختار سوم 12 نوع پروتئین هیبرید ممکن با استفاده از روش همولوژی مدلینگ و نرم افزار Modeller ایجاد گردید. بهترین مدلها جهت شبیه سازی دینامیک مولکولی انتخاب شدند. از پکیج نرم افزاری GROMACS و میدان نیروی gromos96 54A7 جهت شبیه سازی دینامیک مولکولی مدل ها استفاده شد. در نهایتا با تجزیه وتحلیل دادههای تراژکتوری با استفاده از آنالیزهای 2RMSD و3RMSF و4Rg و 5SASA از میان 12 ساختار، بهترین ساختار که شامل RICIN-EAAAK-WYAWML بود، انتخاب و جهت سنتز و شناسایی لاین سلول های سرطانی حاوی گیرنده HER2 معرفی گردید.