قارچ های اندوفیت میکروارگانیسم هایی هستند که بافت گیاهان زنده را بدون ایجاد علائم بیماری کلونیزه می کنند. در این تحقیق گونه های اندوفیت Aspergillus و Penicillium از بافت های ریشه، ساقه، برگ و خوشه گیاهان متعلق به تیره گندمیان از جمله Hordeum spontaneum، H. murinum، Bromus scoparius، Triticum aestivum، T. boeoticum، T. dicoccoides، Aegilops umbellulata، A. caudate، A. cylindrica، A. neglecta، A. clumnaris ، A. geniculate و A. triuncialis از استان های کردستان و کرمانشاه جداسازی شد. بدین منظور بافت های گیاهی سالم پس از برش به قطعات 5 میلی متری با فرو بردن متوالی در اتانول 96٪ به مدت یک دقیقه، هیپوکلریت سدیم 2٪ به مدت سه دقیقه و اتانول 96٪ به مدت 30 ثانیه ضدعفونی و پس از سه بار شستشو با آب مقطر سترون روی محیط کشت سیب زمینی دکستروز– آگار (PDA) کشت شدند. سرانجام، گونه های Aspergillus cf. petrakii، A. tubingensis، A. terreus، A. hiratsukae، P. hordei و Penicillium sp. بر اساس ویژگی های ریخت شناسی و آنالیز توالی نواحی ITS و کالمودولین شناسایی شدند. A. tubingensis،A. hiratsukae و P. hordei آرایه های جدیدی برای مایکوفلور ایران بودند.