این تحقیق با هدف برآورد تنوع ژنتیکی، ارزیابی ساختار جمعیتی و شناسایی نواحی ژنوم حامل نشانههای انتخاب مرتبط با اندازه بدن در نژادهای اسب بومی ایران شامل کاسپین (38 رأس)، ترکمن (24 رأس) و کرد (29 رأس) و برخی نژادهای خارجی شامل عرب (24 رأس)، فلپونی (21 رأس) و آخالتکه (20 رأس) که با استفاده از تراشه Illumina Equine SNP50K Beadchip تعیین ژنوتیپ شده بودند انجام شد. برای ادغام مجموع دادهها و اجرای کنترل کیفیت از جمله نرخ تعیین ژنوتیپ و حداقل فراوانی آللی از نرمافزار PLINK1.09 استفاده شد. نتایج حاصل از تجزیهوتحلیل آماری جمعیت نشان داد که نژادهای اسب بومی و خارجی از نظر ساختار ژنتیکی بهخوبی از هم تفکیک شدهاند. اندازه مؤثر جمعیت (Ne) برآورد شده در 5 نسل قبل در نژادهای کاسپین، کرد، عرب، ترکمن، آخالتکه و فلپونی به ترتیب 54، 49، 37، 35، 27 و 26 بود. بیشترین و کمترین میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده به ترتیب در نژادهای کرد و فلپونی 346/0 و 290/0 برآورد شد. برآورد ضرایب همخونی نشان داد که کمترین ضریب همخونی بر اساس رشتههای هموزیگوت FROH و میزان هموزیگوسیتی FHOM در نژاد کاسپین، و بر اساس ماتریس روابط ژنومی FGRM و همبستگی گامتها FUNI در نژاد کرد وجود دارد. برای شناسایی نشانههای انتخاب در شش نژاد موجود از دو آزمون تمایز جمعیت FLK و hapFLK استفاده شد. نتایج حاصل 127 ژن را به ترتیب در چهار ناحیه ژنومی بر روی کروموزومهای ECA3، ECA7، ECA12 و ECA19 با استفاده از hapFLK شناسایی و نشان داد. همچنین با استفاده از تجزیهوتحلیل FLK قویترین سیگنالهای انتخاب در 124 ژن بر روی کروموزومهای ECA2،ECA3 ، ECA 6،ECA7، ECA8، ECA11، ECA16 و ECA24 شناسایی شدند. حاشیهنویسی مناطق حاوی نشانههای انتخاب مرتبط با اندازه بدن تعدادی از ژنها دخیل در فرایندهایی مانند: معدنی شدن استخوان، توسعه و تشکیل بافت، پاسخ سلولی به محرک فاکتور رشد، پاسخ سلولی به یون کلسیم، از جمله: BMPR1B، FAM13A، SPP1، SAMD7 و FGF12 را شناسایی کرد. در مجموع، نتایج حاصل از این مطالعه چندین ژن کاندید تحت انتخاب را برای درک بهتر از خصوصیات نژادی و عملکرد جمعیتهای اسب بومی ایران و روابط ژنوتیپ - فنوتیپ بین نژادهای اسب ایرانی و اسبهای خارجی که در توسعه برنامههای حفاظت، اصلاح نژاد و توسعه مدیریت مؤثر پرورش و اصلاح نژاد نژادهای اسب ایرانی اهمیت دارد را پیشنهاد نمود.
