برای شناسایی خصوصیات فیلوژنتیکی جمعیت های زنبور عسل، نمونه برداری از تمام 31 استان ایران در بهار و تابستان سال 1394 انجام شد. بررسی فیلوژنتیکی زنبورهای عسل بر اساس ژن ND2 دی ان ای میتوکندریایی انجام شد. همچنین، نواحی بین ژنی واقع در بین ژن های ND2 و COI در جمعیت های مختلف زنبور عسل مقایسه شدند. پس از توالی یابی و همترازی ژن مورد نظر، جمعیت های مختلف جمع آوری شده با نرم افزارهایMrBayes 3.2 و PAUP 4.0 b10 آنالیز شدند. مقایسه بین توالی های بخشی از ژن ND2 نشان داد که بین جمعیت های زنبورعسل ایرانی (A.m.meda)، هشت تفاوت نوکلئوتیدی وجود دارد. پس از رسم درخت فیلوژنی، جمعیت های زنبورعسل ایرانی (A.m.meda) در چهار گروه قرار گرفتند. نتایج نشان داد که علاوه بر اینکه نمونه های آذربایجان شرقی و یزد از بقیه جمعیت های زنبورعسل جدا شدند، این دو جمعیت دارای بلندترین ناحیه بین ژنی (ITS2 با 70 نوکلئوتید) بودند. همچنین، جمعیت های چهارمحال و بختیاری، تهران، سیستان و بلوچستان، مازندران، لرستان، کردستان، کرمانشاه، کهگیلویه و بویراحمد، خراسان جنوبی، ایلام، گلستان و قزوین که در یک گروه قرار گرفته بودند، تمامی دارای طول ITS2 62 جفت باز بودند. ITS2 به طور میانگین دارای تعداد نوکلئوتید بیش تری نسبت به ITS1 و ITS3 بود (59 تا 70 نوکلئوتید). تمام توالی های مورد بررسی ITS1 به جز زیرگونه syriaca دارای 20 نوکلئوتید بودند. کم ترین طول ناحیه بین ژنی مربوط به ITS3 بود که از دو نوکلئوتید (A و T) تشکیل شده بود. نمونه های مربوط به اردبیل، زنجان و کرمان نیز با ساپورت 91 در یک گروه قرار گرفتند. همچنین نمونه های مربوط به البرز، خراسان شمالی، خراسان رضوی، اصفهان، شیراز، سمنان، مرکزی، خوزستان، هرمزگان، همدان، قم، بوشهر و آذربایجان غربی در یک گروه قرار گرفتند. بررسی مقایسه ی جمعیت های نمونه برداری شده، به روش دو پارامتری کیمورا نشان داد که هیچ گونه تفاوت نوکلئوتیدی بین نمونه های جمع آوری شده از گیلان با زیرگونه کارنیکا (A.m.carnica) وجود نداشت. بنابراین، نمونه های جمع آوری شده از گیلان جزء زیرگونه A.m.meda نبودند و با بررسی های انجام گرفته در زیرگونه کارنیکا قرار گرفتند. زنبورعسل کارنیکا بومی ایران نیست؛ بنابراین، ملکه های این زیرگونه زنبور عسل توسط برخی از زنبورداران به صورت غیرقانونی وارد کشور شده است. زیرگونه