نژاد های بومی اسب ایران در نتیجه اثرات متقابل محیطی و ژنتیکی جهت سازگاری با شرایط نامساعد محیطی، تنوع ژنتیکی بالایی پیدا کرده اند. اما در سال های اخیر اندازه موثر جمعیت آنها بسیار کاهش یافته است که موجب بالا رفتن همخونی و کاهش تنوع ژنتیکی در بین و داخل نژادها شده است. کاهش تنوع ژنتیکی ایجاد شده می تواند ایمنی دام را در مقابل عوامل نامساعد محیطی همچون پاتوژن های بیماری زا به خطر اندازد. تنوع ژنتیکی جهت بالا بردن دقت انتخاب و سازگاری جمعیت ها با شرایط محیطی لازم می باشد و با عباراتی همچون پلی مورفیسم، متوسط هتروزیگوسیتی و تنوع آللی بیان می شود. تنوع ژنتیکی هر نوع تنوع در سطح نوکلئوتید، ژن، کروموزوم ها و یا کل ژنوم ساختارهای بدن یک حیوان را در بر می گیرد. کنترل و ارزیابی تنوع ژنتیکی نژادهای بومی اسب ایران جهت حفظ ذخیره ژنتیکی و بقای این نژاد ها از اهمیت زیادی برخوردار می باشد. لذا هدف از این مطالعه بررسی اهمیت تنوع ژنتیکی در حفظ ذخایر ژنتیکی نژاد های اسب بومی ایران می باشد.