میزان تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت های ماهی اسبله مناطق شمالغرب ایران با استفاده از نشانگر مولکولی ISSR مورد بررسی قرار گرفت. نمونه های مورد بررسی از سه استان کردستان (دریاچه سد سقز)، آذربایجان غربی (دریاچه سد مهاباد، زرینه رود، سیمینه رود و دریاچه سد ارس) و گیلان (تالاب انزلی) و در 4 گروه جغرافیایی مهاباد، ارس، انزلی و زرینه (جمعیت های زرینه، سیمینه، و دریاچه سد سقز) مورد بررسی قرار گرفت. با استفاده از دو پرایمر مطابق با توالی های مناطق ریزماهواره ای در ژنوم ماهی اسبله، تعداد 44 لوکوس در نمونه های مورد بررسی تعیین گردید. درصد باندهای پلی مرف، میانگین هتروزیگوسیتی، شاخص شانون به ترتیب، 36/86، 2530/0، 3897/0 تعیین گردیدند. همچنین جمعیت های مهاباد – ارس دارای بیشترین مقدار تشابه ژنتیکی و کمترین فاصله ژنتیکی و جمعیت های ارس-انزلی دارای کمترین میزان تشابه و بیشترین فاصله ژنتیکی بودند. مقایسه آزمون تمایز جمعیت ها نشان داد که بجز جمعیت های مهاباد – ارس، سایر جفت جمعیت ها بطور معنی دار از همدیگر متمایز می باشند (P<0.05) . نتایج این تحقیق نشان می دهد که وجود فواصل جغرافیایی در طی زمان موجب تمایز کافی این جمعیت ها شده است. هر چند که در جمعیت های ارس و مهاباد بعلت پایین بودن میزان تنوع امکان تعیین تمایز آن وجود نداشت.
