میزان تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت های ماهی اسبله مناطق شمالغرب ایران با استفاده از نشانگر مولکولی ISSR مورد بررسی قرار گرفت. نمونه های مورد بررسی از سه استان کشور، کردستان (دریاچه سد سقز)، آذربایجان غربی (دریاچه سد مهاباد، زرینه رود، سیمینه رود و دریاچه سد ارس) و گیلان (تالاب انزلی) و در 4 گروه جغرافیایی مهاباد، ارس، انزلی و زرینه (جمعیت های زرینه، سیمینه، و دریاچه سد سقز) مورد بررسی قرار گرفت. با استفاده از دو پرایمر مطابق با توالی های مناطق ریزماهواره ای در ژنوم ماهی اسبله، تعداد 44 لوکوس در نمونه های مورد بررسی تعیین گردید. درصد باندهای پلی مرف، میانگین هتروزیگوسیتی، شاخص شانون، تنوع درون جمعیتی و تنوع کل به ترتیب، 36/86، 2530/0، 3897/0، 2070/0 و 2437/0 تعیین گردیدند. جمعیت زرینه دارای بالاترین و جمعیت ارس دارای پایین ترین مقادیر درصد باند پلی مرف، میانگین هتروزیگوسیتی و شاخص شانون بودند. همچنین جمعیت های مهاباد – ارس دارای بیشترین مقدار تشابه ژنتیکی و کمترین فاصله ژنتیکی و جمعیت های ارس-انزلی دارای کمترین میزان تشابه و بیشترین فاصله ژنتیکی بودند. نتایج تجزیه تابع تشخیص کانونی نشان داد که 5/95% درصد از گروه بندی جغرافیایی صحیح انجام شده است. نتایج تجزیه قدم به قدم تابع تشخیص نشان داد که 10 نشانگر پلی مرف دارای بیشترین مقدار تاثیر در تفکیک جمعیت ها می باشند. بر این اساس نتایج تجزیه واریانس مولکولی(AMOVA) با استفاده از این 10 نشانگر وجود تفاوت معنی دار در درون جمعیت ها را نشان داد (0001/0 (P<. مقایسه آزمون تمایز جمعیت ها نشان داد که بجز جمعیت های مهاباد – ارس، سایر جفت جمعیت ها بطور معنی دار از همدیگر متمایز می باشند (05/0 (P<. نتایج این تحقیق نشان می دهد که نشانگر ISSR دارای توان لازم به منظور بررسی تنوع و ساختار ژنتیکی در ماهی اسبله می باشد. همچنین وجود فواصل جغرافیایی در طی زمان موجب تمایز کافی این جمعیت ها شده است. هر چند که در جمعیت های ارس و مهاباد بعلت پایین بودن میزان تنوع امکان تعیین تمایز آن وجود نداشت. پایین بودن میزان تنوع در این دو جمعیت می تواند ناشی از کاهش جمعیت در مهاباد و محدود بودن منطقه صید در جمعیت ارس باشد.
