ژنوم میتوکندری پستاندران DNA دو رشته ای حلقوی بوده و حدود 5/16 کیلو باز طول دارد. این ژنوم در پستانداران از دو ناحیه کد کننده و غیر کدکننده (D-LOOP) تشکیل شده است و 37 ژن را کد می کند. سیتوکروم ها دسته اس از پروتئین های مرکب هستند که گروه پروستتیک آنها را حلقه پورفیرینی دارای آهن تشکیل می دهد. سیتوکروم ها در همه بافت ها یافت می شوند و به سه نوع اصلی a، b و c تقسیم بندی می گردند. سیتوکروم b یکی از پروتئین های کمپلکس III سیستمو فسفریلاسیون اکسیداتیو است که فقط به وسیله ژنوم میتوکندری کد می شود. ژن سیتوکروم b اطلاعات فیلوژنی مفیدی را در سطوح مختلف تاکسنومی ارائه می کند. در این تحقیق پلی مورفیسم ژن سیتوکروم b در سه نژاد اسب کردی، عرب و ترکمن در چهار استان کردستان، همدان، کرمانشاه و آذربایجان غربی با استفاده از تکنیک PCR-RFLP بررسی شد. DNA استخراج شده از نمونه های خون این سه نژاد، پس از تکثیر به وسیله PCR، تحت تاثیر 5 آنزیم محدود الاثر (RsaI، TaqI، HaeIII، EcoRI و BamHI) قرار گرفتند. دو آلل A (590 جفت بازی) و B ( 106، 484 جفت بازی) به وسیله آنزیم BamHI شناسایی شد. آلل A بیشترین فراوانی (976/0) را در بین سه نژاد داشت. دو آلل مختلف دیگر با استفاده از آنزیم TaqI شناسایی شدند که آلل C بیشترین فراوانی (98/0) را در بین سه نژاد و آلل D با فراوانی (02/0) فقط در اسب کردی مشاهده شد. سه آنزیم دیگر هیچ الگوی پلی مورفیسمی را نشان ندادند. در چهار اسب از نژاد کردی با آنزیم TaqI، الگوی برشی جدید در ناحیه مورد تکثیر مشاهده گردید. نتایج تحقیق نشان داد که در ناحیه مورد بررسی تنوع بسیار کمی بین سه نژاد وجود دارد. کلمات کلیدی: اسب کردی، DNA میتوکندریایی، ژن سیتوکروم b، PCR-RFLP