هدف از این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی درون جمعیتی بز مرخز ( آنقوره ایران ) و تیپ های رنگی ( زیر جمعیت ها ) آن بود. تکنیک AFLP جهت بررسی تنوع ژنتیکی در یک نمونه شامل 51 حیوان با استفاده از دو و سه ترکیب پرایمری مورد استفاده قرار گرفت. با استفاده از این ترکیبات پرایمری سه زیر جمعیت ( تیپ رنگی ) نیز مورد آنالیز قرار گرفت. هتروزیگوسیتی مورد انتظار در بین زیر جمعیت ها تفاوت معنی داری داشت ( 38/0-2/0 ). ضریب تمایز جمعیتی ( Gst ) نشان داد که تنوع ژنتیکی درون زیر جمعیت ها سهم بزرگی از تنوع ژنتیکی کل را شامل می شود ( 2161/0 ). آنالیز های درخت فیلوژنیک بر اساس دو معیار فاصله ژنتیکی استاندارد ( 1972، Nei ) و فاصله ژنتیکی نااریب ( 1978، Nei )در بین زیر جمعیت ها نشان داد که تیپ رنگی مشکی بیشترین فاصله و تیپ های رنگی قهوه ای تیره و روشن کمترین فاصله را دارا می باشند. همچنین آنالیز های آماری نشان داد که تیپ رنگی مشکی دارای کمترین تنوع در بین تیپ های رنگی می باشد. آنالیز های PCA بر اساس ضرایب تشابه دایس و جاکارد نیز این نتایج را تأیید می کند. بررسی های تنوع ژنتیکی زیر جمعیت ها با مشاهدات فنوتیپی تیپ های رنگی مطابقت دارد. بنابراین جهت محافظت ژنتیکی از تیپ های رنگی بز مرخز، لازم است که تمرکز برنامه های اصلاحی در جهت حفظ و بهبود تنوع ژنتیکی تیپ رنگی مشکی باشد. همچنین بر اساس نتایج حاصل از این مطالعه، پیشنهاد می شود که تکنیک AFLP جهت بررسی ساختار ژنتیکی بز مرخز بسیار مناسب و مفید می باشد.
