هدف از این پژوهش، ارزیابی تنوع ژنتیکی موجود در بزهای مرخز (آنقوره ایران) و تیپ های رنگی آن با استفاده از مارکرهای AFLP بود. نمونه های خون از 51 حیوان غیر خویشاوند موجود در ایستگاه بز مرخز سنندج گرفته شد. با استفاده از اطلاعات حاصل، دندروگرام روابط ژنتیکی بین حیوانات به روش UPGMA و WPGMA ترسیم گردید. بررسی تنوع ژنتیکی در بین تیپ های رنگی بز مرخز ( قهوه ای تیره، قهوه ای روشن و مشکی ) نشان داد که که کل تنوع موجود در تیپ های رنگی (Ht)، تنوع موجود در داخل تیپ ها (Hs) و تنوع بین تیپ های رنگی (Dst) به ترتیب 4/0، 28/0 و 12/0 می باشد. ضریب تمایز جمعیتی 2961/0 بود که نشان دهنده سهم تنوع بین تیپ های رنگی از تنوع کل است. بررسی تنوع ژنتیکی بین تیپ های رنگی به دو روش استاندارد نئی (1972) و روش نااریب نئی (1978) نشان داد که کمترین فاصله ژنتیکی بین تیپ های رنگی قهوه ای تیره و قهوه ای روشن و بیشترین فاصله ژنتیکی بین تیپ های مشکی و قهوه ای روشن وجود دارد. بیشترین و کمترین تنوع ژنتیکی به ترتیب در تیپ های رنگی قهوه ای تیره و مشکی وجود دارد.
