بیماری پاخوره گندم ناشی از قارچ Gaeumannomyces graminis var. tritici (Ggt) یکی از بیماریهای مهم روی گندم، جو و چاودار در دنیا است. کنترل بیولوژیک یکی از روشهای مهم جهت حفاظت گیاهان در مقابل بیماریهای گیاهان بهخصوص عوامل بیماریزای خاکزاد است. در این مطالعه، دو سویه قارچ اندوفیت Ag2k1 و O31R3 از گیاهان غلات سالم جداسازی و توانایی آنها به عنوان عوامل کنترل زیستی بر علیه قارچ Ggt در شرایط آزمایشگاه و گلخانه مورد ارزیابی قرار گرفت. دو جدایه Ag2k1 و O31R3 بر اساس ویژگیهای ریختشناسی و مولکولی (توالی ناحیه ITS rDNA) بترتیب به عنوان Bipolaris sorokiniana و Bipolaris victoriae شناسایی شدند. بیماریزایی قارچ بیمارگر روی گیاه گندم رقم پیشتاز انجام شد. علایم بیماری 20 روز پس از مایهزنی بهصورت زردی، کوتولگی، سیاه شدگی ریشه و طوقه گیاه ظاهر شد. دو قارچ اندوفیت B. sorokiniana Ag2K1 و B. victoriae O31R3 در شرایط آزمایشگاه در روش کشت متقابل رشد پرگنه قارچ بیمارگر را بترتیب به میزان 85/33 و 41/65 درصد کاهش دادند. اما ترکیبات فرار و غیر فرار هر دو جدایه قارچ اندوفیت تاثیر کمی روی کاهش رشد پرگنه قارچ Ggt داشتند (48/11-67/2 درصد). در شرایط گلخانه دو قارچ اندوفیت B. sorokiniana Ag2K1 و B. victoriae O31R3 شدت بیماری پاخوره گندم را بترتیب به میزان 32/51 و 55/53 درصد کاهش دادند. هر دو جدایه قارچ اندوفیت تولید آنزیم پکتیناز کردند. جدایه B. victoriae O31R3 تولید آنزیم کتیناز کرد. هیچیک از دو جدایه قارچ اندوفیت قادر به تولید آنزیم پروتئاز، سلولاز، سیدروفور، سیانید هیدروژن و حلالیت فسفات نبودند. همچنین هر دو جدایه قارچ اندوفیت B. sorokiniana Ag2K1 و B. victoriae O31R3 هورمون اکسین و جیبرلین تولید کردند و پارامترهای رشدی گیاه گندم مثل ارتفاع ساقه، وزن تر و خشک ریشه، وزن تر و خشک ساقه را در شرایط گلخانه به میزان قابل توجهی افزایش دادند. نتایج آزمایشگاه و گلخانه نشان داد که دو قارچ اندوفیت مورد مطالعه توانایی قابل توجهی در مهار زیستی قارچ Ggt عامل بیماری پاخوره گندم داشتند. همچنین این دو جدایه روی گیاهچههای آلوده گندم هیچ علایم بیماری ایجاد نکردند. این دو جدایه ممکن است به عنوان عوامل کنترل زیستی در مدیریت بیماری پاخوره گندم در شرایط مزرعه موثر باشند.