شانکر باکتریایی درختان میوه هسته دار عمدتاَ توسط باکتری Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) بوجود می آید. به منظور بررسی تنوع جدایه های عامل بیماری، طی سال های 92-91 از باغات درختان میوه هسته دار واقع در مناطق مختلف استان کردستان، نمونه برداری صورت گرفت. باکتری های جدا شده براساس خصوصیات فنوتیپی شامل آزمون های گروه LOPAT، GATTa، Pss شناسایی شدند. برای شناسایی دقیق تر از آغازگر اختصاصی ژن syrB استفاده گردید. در تمامی جدایه ها قطعه ی 752 جفت بازی تکثیر شد. آنالیز خوشه ای نتایج به دست آمده از rep-PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصیERIC وREP نشان داد که جدایه ها در سطح تشابه 52 درصد به هشت گروه و با ترکیب هر دو آغازگر به هفت گروه تقسیم می شوند. نتایج نشانگر وجود تنوع ژنتیکی درون جدایه های PSS عامل بیماری شانکر درختان میوه هسته دار بود.