کشمش یکی از محصولات صادراتی مهم در ایران است که ممکن است با انواعی ازقارچ ها آلوده باشد. برخی از این قارچ ها از گونه های آسپرژیلوس احتمالا تولیدکننده مایکوتوکسین هستند. اکراتوکسین A یکی از این سموم است که در انگور وکشمش دیده شده است. با توجه به تولید بالای انگور و کشمش در کشور و به ویژه در شهرستان ملایر، ردیابی سریع قارچ های تولیدکننده اکراتوکسین A برای تشخیص و پیشگیری از آلودگی این محصول از حیث امنیت غذایی بسیار ضروری است. هدف از این تحقیق شناسایی قارچ های بالقوه مولد اکراتوکسین A روی دو نوع کشمش آفتابی و تیزابی شهرستان ملایر است. به منظور ردیابی قارچ های احتمالی در کشمش از روش های مولکولی PCR و توالی یابی استفاده شد. ابتدا ضدعفونی نمونه های کشمش انجام گرفت، سپس جداسازی وکشت قارچ های احتمالی آلوده کننده انجام شد. بررسی های مورفولوژیکی نشان داد که قارچ های تکثیر شده متعلق به گونه آسپرژیلوس می باشند. استخراج DNA از قارچ ها انجام شد. ژن بتاتوبولین به عنوان یک ژن شاخص در این قارچ ها انتخاب و تکثیر شد. نتایج توالی یابی ژن بتاتوبولین از ده نمونه نشان داد که این توالی ها متعلق به Aspergillus niger و Aspergillus tubingensis می باشند. پس از تعیین گونه های احتمالی آلوده کننده آسپرژیلوس، آغازگرهای اختصاصی ژن کالمودولین برای هر دو گونه طراحی و نمونه ها توسط PCR بررسی شدند. به منظور تایید صحت اختصاصیت ناحیه تکثیر شده، توالی یابی برای چندین نمونه انجام شد و نتایج نشان داد که این توالی ها مربوط به دو گونه از قارچ های Aspergillus niger و Aspergillus tubingensis هستند. ردیابی تمامی نمونه های مورد بررسی توسط آغازگرهای اختصاصی ژن کالمودولین نشان داد که همه کشمش های آفتابی و تیزابی نمونه برداری شده آلوده به یکی از دو گونه Aspergillus niger یا Aspergillus tubingensis هستند. به طور کلی به نظر می رسد اکثر نمونه های کشمش جمع آوری شده در ملایر آلوده به این دو قارچ باشند که این قارچ ها احتمالا تولید کننده سموم اکراتوکسین می اشند. با شناسایی این دو قارچ اهمیت اعمال روش های کنترل بهداشتی در تولید کشمش و پرهیز از روش های متداول و سنتی خشک کردن کشمش جهت پیشگیری از آلودگی های احتمالی به آسپرژیلوس ضروری به نظر می رسد.