داروهای گیاهی در بسیاری از فرهنگ های مختلف و در میان مردم ملت های مختلف نقش اساسی را در درمان بیماری ها بازی می کند. براساس گزارشات سازمان جهانی سلامت 80 درصد از مردم جهان، عمدتاً در کشورهای توسعه یافته، از داروهای گیاهی برای درمان اولیه بیماری ها استفاده می کنند. یکی از گیاهان مهم در زمینه مصارف دارویی سیاه دانه است که گیاهی علفی، یک ساله، دیپلوئید و خودگشن از خانواده آلاله می باشد و از تاریخچه مذهبی و قدیمی بسیاری برخوردار است. سیاه دانه بومی مناطق جنوب آفریقا، آسیای صغیر و شمال اروپا می باشد که دارای بذرهای سیاه رنگ و گل های سفید یا آبی کم رنگ تا پررنگ بوده. شکل میوه به صورت کپسول که حاوی بذر است. تا اکنون اطلاعاتی در مورد جمعیت های ژنتیکی این گیاه وجود ندارد. نشانگر SCoT یکی از نشانگرهای جدید می باشد که به منظور مطالعات تنوع ژنتیکی در جمعیت های مختلف گیاهی براساس تنوع در ناحیه حفظ شده کدون آغاز ATG عمل می کند. در این مطالعه از 20 آغازگر برای بررسی تنوع ژنتیکی 39 اکوتیپ سیاه دانه که عمدتاً از مناطق مختلف ایران می باشند استفاده شد. کل نوارهای تولید شده به وسیله این آغازگرها 117 عدد بود که 49 عدد (88/41%) از نوارها چند شکل بودند. دامنه شاخص محتوی چندشکلی (PIC) از 0657/0 تا 226/0 بود. در نهایت اکوتیپ ها در 12 گروه مختلف براساس ضریب تشابه ژاکارد و روش UPGMA دسته بندی شدند که مطابق مناطق جغرافیایی ایران نبود. نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی حاکی از 28% تنوع بین گروهی و 72% تنوع داخل گروهی بود و تنوع بین گروه ها و جمعیت ها معنی دار بوده است (p برابر 001/0). در نهایت براساس نتایج حاصل این اکوتیپ ها از مقدار مشابهت بالایی برخوردار بودند.