1403/02/10

قادر میرزاقادری

مرتبه علمی: استاد
ارکید:
تحصیلات: دکترای تخصصی
اسکاپوس: 24335609700
دانشکده: دانشکده کشاورزی
نشانی: گروه تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، صندوق پستی: 416، سنندج، ایران
تلفن:

مشخصات پژوهش

عنوان
توالی یابی کل ژنوم برای شناسایی توالی های تکراری پراکنده، ماهواره ای و ریزماهواره ای در گیاه مرتعی فستوکا (Festuca pratensis Huds. )
نوع پژوهش
مقاله ارائه شده کنفرانسی
کلیدواژه‌ها
توالی یابی کل ژنوم، توالی های تکراری، ترانسپوزون، توالی های ماهواره ای، ریزماهواره، فستوکا
سال 1398
پژوهشگران رحمان ابراهیم زاده گان ، قادر میرزاقادری

چکیده

توزیع توالی های تکراری در ژنوم گیاه مرتعی فستوکا (Festuca pratensis Huds) فسکیوی بلند دارای ژنومی با اندازه متوسط و 1C برابر با 3.25 پیکوگرم (معادل 3.178 Gbp) می باشد. در این تحقیق از داده های توالی یابی کل ژنوم برای شناسایی انواع توالی های تکراری پراکنده (dispersed)، ماهواره ای (satellite) و ریزماهواره ای (microsatellites) و وفور آنها در فستوکا استفاده شده و یک راهکار جدید برای شناسایی لوکوس های SSR جدید دو ژنوتیپ مختلف این گیاه ارائه گردید. آنالیز k-mer توالی ها بررسی شد و نشان داد که توالی های تکراری با تکرار متوسط و زیاد 61 درصد ژنوم را تشکیل می دهد. توالی های تکراری رتروترانسپوزونی بخش عمده توالی های تکراری بودند به طوری که LTR ها حدود 41 درصد توالی های تکراری را تشکیل دادند. بیش از ده توالی تکراری ماهواره ای با مجموع نزدیک به دو درصد ژنوم و 7700 لوکوس ریزماهواره شناسایی شد. بررسی ها نشان داد که گرچه توالی های رتروترانسپوزونی نقش عمده در شکل گیری و تکامل ژنوم فستوکا ایفا کرده اند ولی توالی های ماهواره ای و ریزماهواره ای نیز در این گیاه از وفور و تنوع پررنگی برخوردار هستند.