اولین گام برای شناسایی، حفظ و نگهداری ذخایر توارثی و اساس پژوهشهای ژنتیکی و برنامههای اصلاحی تعیین مقدار تنوع ژنتیکی در مواد گیاهی است. بهکارگیری نشانگرهای مولکولی یکی از ابزارهای بسیار مهم در این زمینه است. در این راستا حفظ تنوع ژنتیکی گیاهان بومی و ارزیابی مقدار تنوع آنها ضروری بهنظر می رسد. برای ارزیابی تنوع ژنتیکی 140 نهال گردوی ایرانی از 20 جفت آغازگر SSR استفاده شد. 20 مکان SSR در مجموع 138 آلل تولید کرد. کمترین و بیشترین تعداد آلل، بهترتیب مربوط به مکانهای WGA69، WGA71 و JRHR211298 (پنج آلل) و WGA202 (نه آلل) بود. کمترین و بیشترین تعداد آلل مؤثر بهترتیب مربوط به مکانهای JRHR211298 و JRHR217037 بود. بیشترین مقدار هتروزیگوتی مشاهدهشده توسط مکان WGA69 تولید شد. همۀ مکانهای SSR در جمعیت مورد بررسی انحراف معنیداری (001/0p≤) از تعادل هاردی-واینبرگ نشان دادند. دندروگرام حاصل از روش Neigbour-joining، 140 نهال گردو را در 5 گروه عمده قرار داد. بررسی ساختار جمعیت با نرمافزار Structure 2.3.1، 2 گروه (2k=) احتمالی را شناسایی کرد. که نتایج هردو تا حد زیادی با هم همخوانی داشتند. اطلاعات حاصل بر اساس ماتریس سهم عضویت افراد و مقدار Fst نشان داد که تمایز قابلملاحظهای بین گروههای احتمالی وجود ندارد.