به منظور تعیین میزان تغییرپذیری ژنتیکی در جمعیت های سیاه ماهی خالدار استان کردستان نمونه ماهیان از رودخانه های استان کردستان و از سه منطقه بانه (چومان، شوی، گرماب)، سیروان (قشلاق، سیروان، گاوه رود) و مریوان (روآر) صید گردیدند. از دو روش ریخت شناسی و نشانگر مولکولی IRAP میزان تغییرپذیری ژنتیکی ماهیان در جمعیت های تهیه شده مورد مقایسه قرار گرفتند. مقایسه میانگین صفات زیست سنجی هفت جمعیت مورد مطالعه نشان دهنده اختلاف معنی داری (01/0>P) در اکثر صفات اندازه گیری شده بود. همچنین براساس روش تابع تشخیص، هشت صفت ریخت شناسی به عنوان صفات موثر در تمایز جمعیت ها شناسایی گردید. نتایج پراکنش افراد با استفاده از توابع کانونی حول مراکز جمعیت ها نشان داد که جمعیت های مورد بررسی براساس منطقه جغرافیایی صید، قابل تفکیک می باشند. نتایج گروه بندی افراد و آزمون اعتباردهی گروه بندی افراد در گروه های از پیش تعیین شده با استفاده از توابع تشخیص صفات ریخت شناسی موثر، نشانداد که 4/82 % افراد در گروه بندی اصلی و 7/75 % افراد در اعتبار سنجی، به طور صحیح در جمعیت های مورد بررسی قرار دارند. از شش ترکیب آغازگر IRAP برای تعیین شاخص های تغییرپذیری ژنتیکی درون جمعیتها استفاده گردید. این آغازگرها در مجموع تعداد 151 باند تکرارپذیر در جمعیت های مورد بررسی تولید نمودند. جمعیت روآر از ناحیه مریوان، دارای بیش ترین تعداد باند، باند پلی مورف، باند متفاوت و باند اختصاصی و همچنین بالاترین تعداد آلل موثر، شاخص شانون و هتروزیگوسیتی مورد انتظار بوده و جمعیت گرم آب از ناحیه بانه، دارای کم ترین این شاخص ها بود. نتایج تغییرپذیری ژنتیکی بین جمعیت ها براساس فاصله ژنتیک نئی نشان داد که بیشترین فاصله ژنتیکی بین جفت جمعیت روآر از ناحیه مریوان و شوی از ناحیه بانه و کمترین فاصله ژنتیکی بین جفت جمعیت چومان و گرم آب از ناحیه بانه بود. نتایج تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که 9 % واریانس ژنتیکی مربوط به بین مناطق جغرافیایی، 16 % مربوط به بین جمعیت ها و 75 % مربوط به درون جمعیت ها می باشد. مقایسه جفتی مقادیر PhiPT جمعیت های مورد بررسی نشان دهنده تفاوت معنی دار بین آن ها می باشد. با توجه به متوسط مقدار PhiPT (203/0) تمایز قوی بین جمعیت ها مشاهده گردید. بیش ترین مقدار جریان ژنی (تعداد مهاجرت در هر نسل) بین جمعیت چومان و گرم آب و کم