امیر رشیدی

هدف از این پژوهش، شناسایی ژن ها و کاوشگرهای هاب ناشی از ایجاد شبکه های بیزی در داده های بیان ژن و کاوشگری در بافت های مختلف گونۀ گاو با استفاده از داده های ریزآرایۀ DNA بود. با استفاده از داده های خام بیان ژن و کاوشگری در هر بافت، ژن ها و کاوشگرهایی که عامل بیشترین میزان واریانس بیان ژن بودند، شناسایی شده و سپس شبکۀ بیزی، برای آن ها برازش داده شد. ژن ها و کاوشگرهای هاب با استفاده از نسبت فراسنجه های درجۀ درون و بیرون شناسایی شدند. اندازۀ پوشش مارکفی در شبکه های مختلف متفاوت بود که به احتمال بیانگر وجود زیرساختارهای ساختارشناختی (توپولوژیکی) برای شبکه های یادشده در بافت های مختلف است. در روش شبکۀ ژن محور، در بافت ماهیچۀCBR1 ،LOC788826 ، در بافت پستانیNID2 ، COL5A2، LOC616942،FXYD3 ، در بافت کبدی LOC100132279،MGC127133 ، MBOAT2،CLDN2 ، ANKRD1، در بافت رحم IGFBP1، DGAT2، CKMT1، ISG15، CKMT1 و در بافت تخمدانLOC286871 وINHBA به عنوان ژن های هاب شناسایی شدند. همچنین در روش ایجاد شبکۀ کاوشگر محور، مشخص شد که دو ژن JSP.1 و BOLA-DQB در بافتهای کبد و رحم فعال هستند. ولی این ژنها در روش ژن محور در ایجاد شبکۀ ژنی به عنوان ژن هاب استخراج نشدند.