1403/09/01
امیر رشیدی

امیر رشیدی

مرتبه علمی: استاد
ارکید:
تحصیلات: دکترای تخصصی
اسکاپوس: 23009961900
دانشکده: دانشکده کشاورزی
نشانی: سنندج- دانشگاه کردستان- دانشکده کشاورزی - گروه علوم دامی
تلفن: 08733668512

مشخصات پژوهش

عنوان
استخراج شبکه ژنی در داده های ریزآرایه DNAبافت رحمی با استفاده از شش الگوریتم متفاوت شبکه بیزی
نوع پژوهش
مقاله ارائه شده کنفرانسی
کلیدواژه‌ها
الگوریتم، ریزآرایه DNA،ژن هاب
سال 1397
پژوهشگران امین مرتضوی ، امیر رشیدی ، مصطفی قادری زفره ای ، پرهام مرادی دولت آبادی ، محمد رزم کبیر

چکیده

هدف از این پژوهش شناسایی ژنهای هاب ترانسکریپتومی در بافت رحمی با استفاده از الگوریتمهای مختلف شبکه بیزی بود. بدین منظور 6 الگوریتم متفاوت (رشد انقباضی، کمینه- بیشینه والد- فرزند، جستجوی تابو، تپه نوردی، کمینه- بیشینه تپه نوردی و حداکثرسازی محدود شده) در قالب سه دسته کلی الگوریتمهای محدودیت گرا، نمره گرا و ترکیبی مورد استفاده قرار گرفتند. tراسنجه های شبکه ژنی با استفاده از بسته نرم افزاری bnlearn در محیط Rبرآورد شدند. شناسایی ژنهای هاب با در نظر گرفتن معیار درجه و در محیط نرم افزار Cytoscape تعیین شدند. در الگوریتم جستجو تابو از الگوریتم های دسته نمره گرا بیشترین مقدار اتصالات بین ژنی ( 390)، پوشش مارکفی (25/64)، اندازه همسایگی (8/76 )و عامل شاخه ساز (4/38) مشاهده شد. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که بین دسته الگوریتم ترکیبی و محدودیت گرا بیشترین تعداد ژنهای هاب مشترک وجود دارد (MMD2 ،SPDEF ،PRODH، SLC27A6 ،SEMA3E و ACTG2). در نهایت، حاشیه نویسی عملکردی ژنهای متفاوت بیان شده در بافت رحم در طی تیمار پروژسترون و اثر حاملگی نشان داد گروههای ژنی در مسیرهای خارج سلولی، ترشحی، متابولیسم چربی و پروتئین، ساختار پروتئین و فرآیندهای پس از ترجمه در بیان ژن درگیر هستند.