هدف از این پژوهش، ارزیابی تنوع ژنتیکی موجود در بزهای مرخز(آنقوره ایران) و تیپ های رنگی آن با استفاده از مارکرهای بین ریزماهواره ای(ISSR) بود. استفاده از مارکرهای بین ریزماهواره ای در ارزیابی تنوع ژنتیکی بزها، برای اولین بار در این تحقیق مورد بررسی قرار گرفت. نمونه های خون از 70 حیوان غیر خویشاوند موجود در ایستگاه بز مرخز سنندج گرفته شد و استخراج DNA به روش استخراج نمکی انجام گرفت. چهار پرایمر P1:(AC)9T، P2:(CA)9T، P3:(TG)9C وP4:(GT)9C طراحی گردید که دو پرایمر 1 و 2 به دلیل تعداد باند و چند شکلی بیشتر برای اجرای این طرح انتخاب شدند. دو پرایمر مورد استفاده در مجموع 28 باند تولید کردند که 23 باند پلی مورف و درصد پلی مورفیسم %14/82 بود. با استفاده از اطلاعات حاصل، دندروگرام روابط ژنتیکی بین حیوانات به روش UPGMA ترسیم گردید. میانگین( انحراف معیار) تنوع ژنی(h) موجود در بزهای مرخز 18/0 34/0 بود. بررسی تنوع ژنتیکی در بین تیپ های رنگی بز مرخز(قهوه ای تیره، قهوه ای روشن و مشکی) نیز نشان داد که کل تنوع موجود در تیپ های رنگی(Ht)، تنوع موجود در داخل تیپ ها(Hs) و تنوع بین تیپ های رنگی(Dst) به ترتیب 33/0،30/0 و 03/0 می باشد. ضریب تمایز جمعیتی 91/0 بود که نشان می دهد سهم تنوع بین تیپ های رنگی از تنوع کل، بسیار کم(%1/9) است. بررسی تنوع ژنتیکی بین تیپ های رنگی به دو روش استاندارد نئی(1972) و روش نااریب نئی(1978) نشان داد که کمترین فاصله ژنتیکی بین تیپ های رنگی قهوه ای تیره و قهوه ای روشن و بیشترین فاصله ژنتیکی بین تیپ های مشکی و قهوه ای روشن وجود دارد. درخت فیلوژنی بین آنها نیز نشان داد که دو تیپ رنگی قهوه ای تیره و قهوه ای روشن در یک شاخه و تیپ رنگی مشکی در شاخه دیگر دسته بندی می شود که این شاخه بندی با شباهت های فنوتیپی بین آنها نیز مطابقت دارد. نتایج بررسی تنوع تیپ های رنگی بز مرخز در این پژوهش نشان داد که بیشترین و کمترین تنوع ژنتیکی به ترتیب در تیپ های رنگی قهوه ای تیره و مشکی وجود دارد. بنابراین در جهت حفظ تنوع در تمام تیپ های رنگی باید برنامه هایی در جهت بهبود تنوع ژنتیکی تیپ رنگی مشکی تدوین گردد.