موفقیت در هر برنامه اصلاح نژادی بستگی به میزان تنوع ژنتیکی موجود در گله مورد نظر دارد. تا بحال روش های مختلفی برای ارزیابی تنوع ژنتیکی مورد استفاده قرار گرفته است. در این میان مارکرهای ISSR یا بین ریزماهواره ای به دلیل ویژگی های بسیار مطلوب آنها به طور گسترده ای به خصوص در گیاهان به کار گرفته شده اند. با این وجود هنوز تعداد پژوهش های انجام شده با استفاده از این مارکرها در حیوانات بسیار اندک است. هدف از این پژوهش، به کارگیری این مارکرها در ارزیابی تنوع ژنتیکی گوسفند بختیاری، بز مرخز و بز لری بود. نمونه های خون به ترتیب به تعداد 25، 75 و 25 نمونه از گوسفند بختیاری، بز مرخز و بز لری گرفته شده و استخراج DNA به روش استخراج نمکی انجام گرفت. در این تحقیق چهار پرایمر P3:(TG)9C, P2:(CA)9T , P1:(AC)9T و P4:(GT)9C مورد بررسی قرار گرفتند و دو پرایمر 1 و 2 به دلیل تعداد باند و چند شکلی بیشتر برای اجرای این طرح انتخاب شدند. نتایج این پژوهش نشان داد که پرایمرهای مورد بررسی به خوبی می توانند در ارزیابی تنوع ژنتیکی مورد استفاده قرار گیرند. تعداد باند مشاهده شده در مجموع دو پرایمر به ترتیب در گوسفند بختیاری، بز مرخز و بز لری 31، 28 و 24 باند بود. درصد پلی مورفیسم نیز در مجموع این دو پرایمر به ترتیب %10/87، %14/82 و %83/70 بود. بررسی فراستجه های تنوع نشان داد که میزان میانگین (± انحراف معیار) تنوع ژنی (h) مربوط به گوسفند بختیاری، بز مرخز و بز لری به ترتیب 16/0 ± 36/0 ، 18/0 ± 34/0 و 20/0 ± 30/0 می باشد.