هدف از این پژوهش، ارزیابی تنوع ژنتیکی تیپ های رنگی بز مرخز با استفاده از مارکرهای بین ریزماهواره ای (ISSR) بود، استفاده از مارکرهای بین ریزماهواره ای در ارزیابی تنوع ژنتیکی بزها، برای اولین بار در این تحقیق مورد بررسی قرار گرفت. نمونه های خون از 60 حیوان غیر خویشاوند موجود در ایستگاه بز مرخز سنندج گرفته شد و استخراج DNA به روش استخراج نمکی انجام گرفت. چهار پرایمر P3:(TG)9C, P2:(CA)9T , P1:(AC)9T و P4:(GT)9C طراحی گردید که دو پرایمر 1 و 2 به دلیل تعداد باند و چندشکلی بیشتر برای اجرای این طرح انتخاب شدند. نتایج این پژوهش نشان داد که بیشترین و کمترین تنوع ژنتیکی به ترتیب در تیپ های رنگی قهوه ای تیره و مشکی وجود دارد. بررسی تنوع ژنتیکی در بین تیپ های رنگی بز مرخز نیز نشان داد که کل تنوع موجود در تیپ های رنگی (Ht)، تنوع موجود در بین تیپ ها (Hs) و تنوع بین تیپ های رنگی (Dst) به ترتیب 33/0 ، 30/0 و 03/0 می باشد. ضریب تمایز جمعیتی 91/0 بود که نشان می دهد سهم تنوع بین تیپ های رنگی از تنوع کل، بسیار کم (%1/9) است.