عبدالباسط عزیزی

ویروس پیسک توت-فرنگی (Strawberry mottle virus) متعلق به راسته Picornavirales خانواده Secoviridae جنس Sadwavirus و زیر جنس Stramovirus می‌باشد. ویروس پیسک توت‌فرنگی یکی از مهم‌ترین ویروس‌های توت‌فرنگی است که پراکنش جهانی دارد و چند سالی است که از باغات توت‌فرنگی استان کردستان ردیابی شده است. برای شناخت بیشتر، بررسی مشخصات مولکولی RNA1 چند جدایه این ویروس مورد مطالعه قرار گرفت. برای انجام این تحقیق، چهار جدایه که دارای علائم ویروسی شامل نامتقارن بودن میوه و برگ، کوتولگی بوته، زردی و سوختگی حاشیه برگ بودند، انتخاب شدند و RNA کل آن‌ها با استفاده از روش سیلیکا از بافت برگی گیاه استخراج شد. پس از ساخت cDNA با آغازگرهای تصادفی شش‌تایی، از پنج جفت آغازگر اختصاصی که بر اساس مناطق محافظت شده RNA1 جدایه‌های مختلف این ویروس طراحی شده بودند، برای تکثیر توالی کامل RNA1 جدایه AGH استفاده شد. همچنین بخشی از ژنوم با استفاده از سه جفت آغازگر از سه جدایه PK، SD و KM تکثیر و تعیین توالی شدند. سپس، خصوصیات مولکولی، تجزیه‌وتحلیل تبارزایی و تنوع ژنتیکی این توالی‌ها همراه با جدایه‌های موجود در ژن بانک مورد بررسی قرار گرفتند. بررسی تنوع ژنتیکی هرکدام از ژن‌های RNA1، نشان داد که بیشترین نسبت تعداد کل جهش‌ها مربوط به پروتئین پروتئاز با 04/0 است. همچنین کمترین میانگین تنوع نوکلئوتیدی، کمترین جهش نوکلئوتیدی و کمترین تعداد جایگاه افتراقی مربوط به ژن VPg است. نسبت جایگزینی‌های نا مترادف به جایگزینی‌های مترادف نشان داد که RNA1 این ویروس تحت ‌فشار انتخاب منفی بوده است. در بررسی تبارزایی بر اساس پلی پروتئین RNA1 و ژن پلیمراز، جدایه‌های SMoV دو گروه اصلی و چندین زیرگروه را تشکیل دادند که جدایه‌های ایرانی در گروه اول و در کنار جدایه‌هایی از کشور چک و کانادا قرار گرفتند. همچنین در بخش دیگری از تحقیق، کارایی چندین آغازگر برای ردیابی بهتر جدایه‌های ایرانی مورد مقایسه قرار گرفتند که آغازگرهای SM4F/R که بخشی از ژن پروتئاز و بخشی از ژن پلیمراز را تکثیر می‌کنند، به‌عنوان مناسب‌ترین آغازگرها معرفی شدند.