بیماری پوسیدگی ریشه لوبیا توسط بیمارگر خاکزاد Neocosmospora solani (Fusarium solani) ایجاد می شود و خسارت فراوانی در مناطق لوبیا کاری دنیا و ایران ایجاد می کند. هدف پژوهش حاضر بررسی فعالیت ضدقارچی باکتری های اندوفیت جداشده از طوقه و ریشه گیاه لوبیا بر کنترل عامل پوسیدگی ریشه لوبیا N. solani (F.solani)، ارزیابی و مقایسه ژنوتیپ های مختلف لوبیا از نظر درجه مقاومت به بیماری پوسیدگی ریشه و بررسی بیان نسبی دو ژن دفاعی PvLOX و PvD2 در تیمارهای زمانی مختلف می باشد. در طی این مطالعه تاثیر متابولیت های فرار باکتری های Microbacterium foliorum.BORCH، maltophilia.HR Stenotrophomonas و Bacillus halotolerans. BTD بر بهبود رشد گیاه آرابیدوپسیس و لوبیا مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین تاثیر متابولیت فرار حاصل شده از جدایه M. foliorum.BORCH در القاء بیان دو ژن PR1 و PvLOX، تحت تیمارهای زمانی مختلف در گیاه لوبیا بررسی شد. در این مطالعه دو جدایه قارچ بیمارگر از مرکز تحقیقات استان لرستان تهیه شد و 480 جدایه باکتری اندوفیت از ریشه و طوقه گیاه لوبیا در مناطق مختلف کشت لوبیا جمع آوری و جداسازی و خالص گردید. بر اساس نتایج حاصل از آزمون بیماری زایی، جدایه F2 بیشترین توانایی بیماری زایی را از خود نشان داد. پس از انجام آزمون های کشت متقابل و متابولیت فرار، 9 جدایه باکتریایی بر اساس بیشترین تاثیر بازدارندگی بر رشد پرگنه قارچ بیمارگر برای تحقیقات تکمیلی انتخاب گردید. فعالیت ضد قارچی 9 جدایه باکتریایی بر اساس آزمون های ترکیبات خارج سلولی، تولید آنتی بیوتیک، تولید آنزیم های تجزیه کننده ی دیواره ی سلولی، تولید سیدروفور، توانایی حل فسفات و... مورد ارزیابی قرار گرفت. بر اساس نتایج حاصل شده از آزمون کشت متقابل، جدایه xylosoxidans. CTA Achromobacterبا نرخ 58% بیشترین بازدارندگی از رشد پرگنه مربوط به قارچ بیمارگر را نشان داد. همچنین در طی آزمون های متابولیت فرار و تولید ترکیبات خارج سلولی، به ترتیب جدایه های A.xylosoxidans.CTA، maltophilia.HR S، M foliorum.BORCH و maltophilia.HR S با میزان 35/42%، 90/38 %، 78/37% و 85/54% بیش ترین تاثیر را در بازدارندگی از رشد پرگنه قارچ بیمار گر را نشان دادند. بر اساس آزمایش های مولکولی و بیو شیمیایی 5 جدایه به جنس Bacillus و باقی جدایه ها به جنس های Achromobacter، Stenotrophomonas، Pseudomonas و Microbacterium تعلق داشتند. در ارزیابی مقاومت ژنوتیپ های مختلف لوبیا به قارچ N. solani (F.solani) رقم غفار به عنوان رقم مقاوم و رقم یاقوت به عنوان رقم حساس معرفی شد و میزان بیان نسبی دو ژن PvLOX و PvD2 در زمانهای مختلف در این دو رقم با هم اختلاف معنی داری داشتند و در رقم مقاوم نسبت به رقم حساس بیان بیشتری داشتند. متابولیت های فرار جدایه های اندوفیت M. foliorum BORCH، S. maltophilia HR و B. halotolerans. BTD باعث بهبود رشد در گیاه آرابیدوسیس و لوبیا شدند. همچنین بیان نسبی ژن های PR1 و PvLOX در گیاهان لوبیا تیمار شده با متابولیت فرار جدایه M. foliorum.BORCH در زمان های مختلف با هم اختلاف معنی دار داشتندکه این نتایج می تواند به دلیل نقش این ژن ها در فرآیندهای رشد و نمو و مقاومتی گیاه باشد. نتایج این تحقیق حاکی از تاثیر مثبت جدایه های باکتری در جلوگیری از رشد قارچ بیمارگرو افزایش رشد گیاه می باشد و نتایج به دست آنده بیانگر استفاده از ارقام مقاوم لوبیا به عنوان جایگزین مناسب روش های شیمیایی می باشد.