سیر (Allium sativum L.) مدت های مدید به صورت رویشی تکثیر شده و تحت شرایط مناسب بذر تولید نمی کند. اطلاع از محتوی ژنتیکی و سطح تنوع ژنتیکی منابع گیاهی هر محصول اولین و مهمترین گام در جهت برآورد اهداف اصلاحی می باشد. در بین روش های مختلف شناسایی تنوع ژنتیکی تکنیک آ اف ال پی به دلیل صحت و دقت بالا از جایگاه ویژه ای برخوردار می باشد. در این تحقیق تنوع ژنتیکی 37 توده سیر جمع آوری شده از مناطق اصلی کشت و کار سیر در ایران با استفاده از نشانگرهایAFLP مورد بررسی قرار گرفت و با نتایج حاصل از داده های مورفولوژیک مقایسه گردید. با استفاده از 5 ترکیب آغازگری EcoRI و MseI دارای 3 نوکلئوتید انتخابی 330 نشانگر حاصل آمد که 233 نشانگر (5/70%) چندشکلی نشان دادند. دندروگرام رسم شده بر اساس نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای توده های سیر ایرانی را در 6 گروه اصلی قرار داد در حالی بر اساس صفات مورفولوژیک مورد ارزیابی کل توده ها در 4 گروه کلی قرار گرفتند. در نتایج حاصل ازداده های AFLP تشابه بین خوشه ها نسبتاً بالا بود (58 تا 100%) تا جایی که 8 توده از گروه 1 و 8 توده ازگروه پنجم 100 صددرصد از باندهای درون گروه خود را به اشتراک بردند، که احتمال تکراری بودن آنها را نمایان می سازد. در کل همبستگی نسبی بین تنوع ژنتیکی و پراکنش جغرافیایی توده های سیر ایرانی مشاهده شد. این تحقیق نشان داد که تکنیک AFLPنه تنها توانایی تفکیک و شناسایی گونه ها را دارا می باشد، بلکه اجازه تفکیک واریته های گیاهشناسی و اکوتیپ های مختلف را نیز به خوبی فراهم می سازد. نهایتاً تکنیک انگشت نگاری AFLP با شناسایی توده های تکراری در مجوعه های ژرم پلاسم می تواند کمک فراوانی به کاهش هزینه نگه داری مخصوصاً در مورد سیر که به صورت رویشی تکثیر می شود داشته باشد.
